2011/11/3 Jan Marten Simons <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:marten@xtal.rwth-aachen.de">marten@xtal.rwth-aachen.de</a>&gt;</span><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
after loading the structure from the pdb file does this line do the trick for<br>
you?:<br>
<br>
my_structure = my_structure.expand_to_p1(sites_mod_positive=True)<br>
<br>
It should give you a completly filled unit cell with all symmetry operations<br>
applied and all atom coordinates in the interval [0,1[.<br></blockquote><div><br></div><div>Two questions:</div><div><br></div><div>1) isn&#39;t this a method of the X-ray structure object, not one of the PDB objects?</div>
<div>2) won&#39;t it split up molecules to keep the sites all inside the unit cell?</div><div><br></div><div>I&#39;m getting annoyed that it&#39;s not easier to do this kind of lattice generation for proteins, so I may just try coding it myself later today or tomorrow. �(I&#39;d like to figure out something analogous to the &#39;symexp&#39; function in PyMOL, but I think that&#39;s a little more work.)</div>
<div><br></div><div>-Nat</div></div>