<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Hi again :)</span><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">

<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Thanks for the piece of code. I was looking at it rigth now and getting it to work, but i got this error:</div>

<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">

<div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;simple_command_line_cc.py&quot;, line 47, in &lt;module&gt;</div><div>    run(sys.argv[1:])</div><div>  File &quot;simple_command_line_cc.py&quot;, line 31, in run</div>

<div>    prefer_anomalous=False)</div><div>TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument &#39;prefer_anomalous&#39;</div><div><br></div><div>I went to my cctbx_sources files, and look for the mmtbx/utils.py, and then realise that on there, the class cmdline_load_pdb_and_data, in is __init__, doesn&#39;t expect a prefer_anomalous keyword but a scattering_table one:</div>

<div><br></div><div><div>def __init__ (self, args, master_phil, out=sys.stdout,</div><div>      process_pdb_file=True, create_fmodel=True, scattering_table=&quot;wk1995&quot;)</div></div><div><br></div><div>Guess it maybe something related to the version of the cctbx i&#39;m using?</div>

<div><br></div></div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34)"><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">Claudia Millán (<a href="mailto:cmncri@ibmb.csic.es" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">cmncri@ibmb.csic.es</a>)</font></p>

<p><font face="arial, helvetica, sans-serif">Institut de Biologia Molecular de Barcelona (IBMB-CSIC)</font></p><p><font face="arial, helvetica, sans-serif">Barcelona, Spain</font></p></span><br>
<br><br><div class="gmail_quote">2012/10/9 Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="im">On Tue, Oct 9, 2012 at 5:35 AM, Claudia Millán Nebot<br>
&lt;<a href="mailto:cmncri@ibmb.csic.es">cmncri@ibmb.csic.es</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi Nat, thanks for pointing it out. Actually, i&#39;m preparing this for a small<br>
&gt; example script in order to include it in a practical seminar about the<br>
&gt; features and tools of the cctbx, so it is not that critical, but I would be<br>
&gt; glad to get some example code of how to use it properly, because my plans<br>
&gt; are to deepen into the use of these tools.<br>
<br>
</div>I&#39;ve attached a template which reads in the model and data, creates<br>
the fmodel object, and calculates CC(obs-calc).  This is also in SVN<br>
now under mmtbx/examples/simple_command_line_cc.py, but I&#39;ll probably<br>
go back and modify it later to add more examples like calculating the<br>
model-map CC for an atom selection.  There are of course other ways to<br>
write this, but it makes maximal use of Pavel&#39;s and my code for the<br>
really common, boring tasks like processing reflection files<br>
consistently, so it&#39;s a good place to start for writing programs with<br>
similar inputs.<br>
<br>
-Nat<br>
<br>_______________________________________________<br>
cctbxbb mailing list<br>
<a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org">cctbxbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>