<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello All,<div><br></div><div>Below shows how to reproduce the error directly.</div><div><br></div><div>James</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">chernev 314% cctbx.python</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">Enthought Python Distribution -- <a href="http://www.enthought.com">www.enthought.com</a></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">Version: 7.3-2 (64-bit)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">Python 2.7.3 |EPD 7.3-2 (64-bit)| (default, Apr 12 2012, 11:14:05)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">[GCC 4.0.1 (Apple Inc. build 5493)] on darwin</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">Type "credits", "demo" or "enthought" for more information.</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">py&gt; inf = 1e300</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">py&gt; inf * inf</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">inf</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">py&gt; from iotbx import pdb</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">py&gt; inf * inf</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">show_stack(1): &lt;stdin&gt;(1) &lt;module&gt;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">libc backtrace (13 frames, most recent call last):</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 14 &nbsp;python2.7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x0000000100000f54 start + 52</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 13 &nbsp;Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x0000000100108576 Py_Main + 3318</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 12 &nbsp;Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000f2c6e PyRun_AnyFileExFlags + 126</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 11 &nbsp;Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000f2b2e PyRun_InteractiveLoopFlags + 78</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 10 &nbsp;Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000f28eb PyRun_InteractiveOneFlags + 379</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 9 &nbsp; Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000cd2c6 PyEval_EvalCode + 54</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 8 &nbsp; Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000ccfc5 PyEval_EvalCodeEx + 1733</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 7 &nbsp; Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001000c7ea0 PyEval_EvalFrameEx + 11200</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 6 &nbsp; Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x0000000100010af8 PyNumber_Multiply + 40</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 5 &nbsp; Python &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x000000010000c569 binary_op1 + 137</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 4 &nbsp; ??? &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x0000000000000002 0x0 + 2</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 3 &nbsp; libsystem_c.dylib &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x00007fff84b0ccfa _sigtramp + 26</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; 2 &nbsp; boost_python_meta_ext.so &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0x00000001007013c0 initboost_python_meta_ext + 0</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">Floating-point error (Python and libc call stacks above)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; This crash may be due to a problem in any imported</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Python module, including modules which are not part</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; of the cctbx project. To disable the traps leading</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; to this message, define these environment variables</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; (e.g. assign the value 1):</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BOOST_ADAPTBX_FPE_DEFAULT</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BOOST_ADAPTBX_SIGNALS_DEFAULT</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; This will NOT solve the problem, just mask it, but</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Monaco">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; may allow you to proceed in case it is not critical.</font></div></div></div><div><div><br></div><div><br></div>
<br><div><div>On Apr 15, 2013, at 9:24 PM, James Stroud wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello All,<div><br></div><div>There is a strange incompatibility between pyyaml and iotbx.pdb that depends on the order of import. If yaml is imported first, there is no problem. If iotbx.pdb is imported first, then importing yaml crashes. This is the yaml that comes with enthought python, but I don't think it's using libyaml, which is the C implementation. So the yaml, from what I can tell, is pure python.</div><div><br></div><div>I'm wondering if anyone else can reproduce this error.</div><div><br></div><div>James</div></div></blockquote></div><br></div></body></html>