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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Hi Rob<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">I would say that this would be a rather dangerous default. You would lose any uncommitted changes and there is no way back. At least
 (assuming a git repository) do a <i>git stash</i> instead -- although to the unsuspecting non-expert user this would still look like the changes are lost.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">How about: If changes present, warn the user and advise that they can irrevocably reset the repository with eg.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;git reset --hard HEAD; git clean -dffx<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">-Markus<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">(I only ever use ‘update’ to do the initial checkout, so whatever the decision it wouldn’t affect me.)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></a></p>
<span style="mso-bookmark:_MailEndCompose"></span>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"> cctbxbb-bounces@phenix-online.org [mailto:cctbxbb-bounces@phenix-online.org]
<b>On Behalf Of </b>R.D. Oeffner<br>
<b>Sent:</b> 14 February 2017 12:49<br>
<b>To:</b> cctbx mailing list &lt;cctbxbb@phenix-online.org&gt;<br>
<b>Subject:</b> [cctbxbb] bootstrap.py not overwriting modified sources<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p><span style="font-size:10.0pt">Hi all,<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt">It appears that when bootstrap.py is invoked&nbsp;to update sources then unsurprisingly it doesn't overwrite existing sources if these are more recent, as in someone has modified them and not committed the changes. Occasionally
 this leads to broken builds.<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt">To prevent this from happening would it not be a good idea to change bootstrap.py to default to overwrite any uncommitted changes unless some flag is set on the command line?<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt">Rob<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<div>
<pre>-- <br>Robert Oeffner, Ph.D.<o:p></o:p></pre>
<pre>Research Associate, The Read Group<o:p></o:p></pre>
<pre>Department of Haematology, <o:p></o:p></pre>
<pre>Cambridge Institute for Medical Research <o:p></o:p></pre>
<pre>University of Cambridge <o:p></o:p></pre>
<pre>Cambridge Biomedical Campus <o:p></o:p></pre>
<pre>Wellcome Trust/MRC Building <o:p></o:p></pre>
<pre>Hills Road <o:p></o:p></pre>
<pre>Cambridge CB2 0XY<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre><a href="http://www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html">www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html</a><o:p></o:p></pre>
<pre>tel: &#43;44(0)1223 763234<o:p></o:p></pre>
<pre>mobile: &#43;44(0)7712 887162<o:p></o:p></pre>
</div>
</div>

<p align="justify">&nbsp;</p>
<p align="justify">--&nbsp;</p>
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