<div dir="ltr">Does molprobity.reduce run?<div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 12, 2019 at 1:14 PM Charitha Belluru Shetty &lt;<a href="mailto:charitha-belluru.b.shetty@gsk.com">charitha-belluru.b.shetty@gsk.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-US">
<div class="gmail-m_-807759363951951908WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi Nigel,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I hit the send button too soon..Ignore my previous email <span style="font-family:&quot;Segoe UI Emoji&quot;,sans-serif">
😊</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">-bash-4.2$ source setpaths.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-bash-4.2$<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-bash-4.2$ env |grep -i reduce<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-bash-4.2$<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">So the “setpath.sh” has the below contents…<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">$ cat /hpc/apps/current/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/setpaths.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># THIS IS AN AUTOMATICALLY GENERATED FILE.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"># DO NOT EDIT! CHANGES WILL BE LOST.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ocwd=&quot;`pwd`&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">if [ -n &quot;$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT&quot; ]; then<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  cd &quot;$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  export LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">elif [ -n &quot;$BASH_SOURCE&quot; ]; then<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  LIBTBX_BUILD=`dirname &quot;$BASH_SOURCE[0]&quot;`<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  cd &quot;$LIBTBX_BUILD&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">else<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  cd &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">fi<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">LIBTBX_BUILD=`pwd -P`<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export LIBTBX_BUILD<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">LIBTBX_OPATH=&quot;$PATH&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export LIBTBX_OPATH<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">PATH=&quot;$LIBTBX_BUILD/bin:$PATH&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export PATH<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cd &quot;$ocwd&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ocwd=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">alias libtbx.setpaths_all=&quot;. \&quot;$LIBTBX_BUILD/setpaths_all.sh\&quot;&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">alias libtbx.unsetpaths=&quot;. \&quot;$LIBTBX_BUILD/unsetpaths.sh\&quot;&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">if [ -n &quot;$LIBTBX_OPATH&quot; ]; then<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  LIBTBX_TMPVAL=&quot;$LIBTBX_OPATH&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">else<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  LIBTBX_TMPVAL=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">fi<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export LIBTBX_TMPVAL<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">PATH=`libtbx.path_utility prepend LIBTBX_TMPVAL &quot;$LIBTBX_BUILD/bin&quot; &lt; /dev/null`<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export PATH<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">if [ &quot;$PATH&quot; = &quot;L_I_B_T_B_X_E_M_P_T_Y&quot; ]; then unset PATH; fi<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">LIBTBX_TMPVAL=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">LIBTBX_OPATH=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">LIBTBX_BUILD=<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best Regards,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Charitha Shetty <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; <br>
<b>Sent:</b> Monday, August 12, 2019 4:08 PM<br>
<b>To:</b> Charitha Belluru Shetty &lt;<a href="mailto:charitha-belluru.b.shetty@gsk.com" target="_blank">charitha-belluru.b.shetty@gsk.com</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> Christopher Williams &lt;<a href="mailto:christopher.sci.williams@gmail.com" target="_blank">christopher.sci.williams@gmail.com</a>&gt;; <a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org" target="_blank">cctbxbb@phenix-online.org</a>; Robert Nolte &lt;<a href="mailto:robert.t.nolte@gsk.com" target="_blank">robert.t.nolte@gsk.com</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: Molprobity / CCTBX incompatibility<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p><strong><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(192,0,0)">EXTERNAL</span></strong><u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Once you source the setpaths.sh file in the build directory do you have phenix.reduce or molprobity.reduce?<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Nigel <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">---<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Nigel W. Moriarty<br>
Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>
Phone : 510-486-5709     Email : <a href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov" target="_blank">NWMoriarty@LBL.gov</a><br>
Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Aug 12, 2019 at 12:43 PM Charitha Belluru Shetty &lt;<a href="mailto:charitha-belluru.b.shetty@gsk.com" target="_blank">charitha-belluru.b.shetty@gsk.com</a>&gt; wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Christopher/ Nigel,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thank you for your quick reply.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">The build process was completed without any error. Pasting few of the lines from it…<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">===== Running in build: rebuild rotarama<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing data files in &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/chem_data/rotarama_data&quot;:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-cys.data -&gt; rota8000-cys.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-asp.data -&gt; rota8000-asp.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-ser.data -&gt; rota8000-ser.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-gln.data -&gt; rota8000-gln.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-ile.data -&gt; rota8000-ile.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-pro.data -&gt; rota8000-pro.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-lys.data -&gt; rota8000-lys.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-thr.data -&gt; rota8000-thr.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-phetyr.data -&gt; rota8000-phetyr.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-glu.data -&gt; rota8000-glu.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-met.data -&gt; rota8000-met.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-his.data -&gt; rota8000-his.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-leu.data -&gt; rota8000-leu.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-arg.data -&gt; rota8000-arg.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-trp.data -&gt; rota8000-trp.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-asn.data -&gt; rota8000-asn.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-phetyr.data -&gt; rota8000-phetyr.pickle: already up to date.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rota8000-val.data -&gt; rota8000-val.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing data files in &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/chem_data/rotarama_data&quot;:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-ileval-nopreP.data -&gt; rama8000-ileval-nopreP.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-gly-sym.data -&gt; rama8000-gly-sym.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-cispro.data -&gt; rama8000-cispro.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-general-noGPIVpreP.data -&gt; rama8000-general-noGPIVpreP.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-transpro.data -&gt; rama8000-transpro.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  rama8000-prepro-noGP.data -&gt; rama8000-prepro-noGP.pickle: converting ... done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">u+s,u,s: 10.06 9.83 0.23<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">===== Running in .: libtbx.refresh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Python: 2.7.16 &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/base/bin/python2.7&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Compiler: default<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Build mode: release<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Warning level: 0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Precompiled Headers: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Static libraries: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Static exe: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Scan Boost headers: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Write full flex_fwd.h files: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Build Boost.Python extensions: True<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Define BOOST_PYTHON_NO_PY_SIGNATURES: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Define BOOST_PYTHON_BOOL_INT_STRICT: True<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Enable OpenMP if possible: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Boost threads enabled: True<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Enable CUDA: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Use conda: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Use opt_resources if available: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Use environment flags: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Enable C++11: False<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Python3 migration warning policy: None<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">command_version_suffix: None<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Relocatable paths anchored at: /hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Top-down list of all modules involved:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  mmtbx           &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/mmtbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  iotbx           &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/iotbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  ccp4io+adaptbx  &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/ccp4io&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">                  &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/ccp4io_adaptbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  smtbx           &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/smtbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  ucif            &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/ucif&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  cctbx           &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/cctbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  scitbx          &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/scitbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  fable           &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/fable&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  omptbx          &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/omptbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  boost+adaptbx   &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/boost&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">                  &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/boost_adaptbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  tbxx            &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/tbxx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  chiltbx         &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/chiltbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  libtbx          &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/libtbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Creating files in build directory: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    dispatcher_include_template.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    dispatcher_head.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths.csh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths_all.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths_all.csh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths_debug.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    unsetpaths.sh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    setpaths_debug.csh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    unsetpaths.csh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    SConstruct<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    Makefile<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    run_tests.csh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/libtbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/boost_adaptbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/fable/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/scitbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/cctbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/smtbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/iotbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/boost_adaptbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/scitbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Generating C++ header files in:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/include/scitbx/array_family&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Generating C++ files in:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/include/scitbx/array_family/boost_python&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Using fable to convert scitbx/lbfgs.f<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/cctbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Generating C++ files in:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/cctbx/eltbx&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Generating C++ files in:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/include/cctbx/boost_python&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/smtbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Generating C++ files in:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/include/smtbx/boost_python&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/iotbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Using fable to convert iotbx/pdb/hybrid_36_f.f<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    Writing: iotbx/pdb/hybrid_36_fem.cpp<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/modules/cctbx_project/mmtbx/libtbx_refresh.py&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Processing: &quot;/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/build/exe_dev&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Regenerating module files in /hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/base<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/base/etc/pango not present, could not regenerate pango files<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/base/etc/gtk-2.0 not present, could not regenerate gdk-pixbuf.loaders<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/hpc/apps/2018/molprobity/v4.4.app/MolProbity/base/etc/fonts not present, could not rebuild fonts<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">generating index.theme file<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Done.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b> </b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">Bootstrap success: build</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">++++++++++ MolProbity configure.sh finished.</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[tm375568@uptus060-3 MolProbity]$ ./setup.sh 
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">++++++++++ creating directories ...<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">++++++++++ setting permisions ...<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">Couldn&#39;t get a file descriptor referring to the console 
</span></b><b><span style="font-family:Wingdings;background:yellow">à</span><span style="color:red;background:yellow"> I assume this can be ignored.</span><span style="color:red">
</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[tm375568@uptus060-3 MolProbity]$<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best Regards,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Charitha Shetty
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> Christopher Williams &lt;<a href="mailto:christopher.sci.williams@gmail.com" target="_blank">christopher.sci.williams@gmail.com</a>&gt;
<br>
<b>Sent:</b> Monday, August 12, 2019 3:34 PM<br>
<b>To:</b> Charitha Belluru Shetty &lt;<a href="mailto:charitha-belluru.b.shetty@gsk.com" target="_blank">charitha-belluru.b.shetty@gsk.com</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> Nigel Moriarty (<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>) &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;;
<a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org" target="_blank">cctbxbb@phenix-online.org</a>; Robert Nolte &lt;<a href="mailto:robert.t.nolte@gsk.com" target="_blank">robert.t.nolte@gsk.com</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: Molprobity / CCTBX incompatibility<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p><strong><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(192,0,0)">EXTERNAL</span></strong><u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hmm.  It looks like Reduce and/or Probe has failed to install correctly.  Most likely an early call to Reduce has resulted in an empty file, which is then passed into other programs,
 resulting in error messages.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The configure script ran a build process.  Do you know if that process finished successfully or if it ended with errors?  If the build exited early, it may have never reached the
 part where Reduce gets compiled.  Some dependencies have changed, and I have been having trouble with my own builds lately. 
<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">It is also possible that there was just a network hiccup that prevented something from downloading correctly, and a second attempt will work.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am working on a new configure/install script for more consistent handling of dependencies.  Hopefully it will be ready in about a day.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Good luck,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-Christopher Williams<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">---Richardson Lab, Duke University<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p><strong><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black">GSK monitors email communications sent to and from GSK in order to protect GSK, our employees, customers, suppliers and business partners, from cyber threats and loss of GSK Information.
 GSK monitoring is conducted with appropriate confidentiality controls and in accordance with local laws and after appropriate consultation.</span></strong><u></u><u></u></p>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<p><span style="color:rgb(0,0,0)"><strong>GSK monitors email communications sent to and from GSK in order to protect GSK, our employees, customers, suppliers and business partners, from cyber threats and loss of GSK Information. GSK monitoring is conducted with
 appropriate confidentiality controls and in accordance with local laws and after appropriate consultation.</strong></span></p>
</div>

</blockquote></div>