<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    @Steve: if interested, I can send you an example. Otherwise,
    grepping in cctbx code base for 'spacial position' will yield a ton
    of examples.<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 3/22/20 08:51, Pavel Afonine wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:aefeb99f-6072-b4fa-8223-a078afb7d280@lbl.gov">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      Hi Tristan,<br>
      <br>
      in CCTBX you can find if an atom (or, generally, a point in space)
      belongs to a special position.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      <div class="moz-cite-prefix">On 3/22/20 05:49, Tristan Croll
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite"
        cite="mid:0bc851626304e917285a1059d74c999d@cam.ac.uk">
        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
          charset=UTF-8">
        <p>If there isn't already a pre-existing method in CCTBX, I
          recently did something along these lines using ChimeraX and
          Clipper (drawing all the symmetry axes in a unit cell - see
          attached example). The source code is at <a
href="https://github.com/tristanic/chimerax-clipper/blob/master/src/geometry/symmetry_axes.py"
            moz-do-not-send="true">https://github.com/tristanic/chimerax-clipper/blob/master/src/geometry/symmetry_axes.py</a>
          - should be fairly straightforward to port the logic to CCTBX.</p>
        <div id="signature"> </div>
        <p><br>
        </p>
        <p id="reply-intro">On 2020-03-22 12:00, Collins, Steve
          (DLSLtd,RAL,SCI) wrote:</p>
        <blockquote type="cite" style="padding: 0 0.4em; border-left:
          #1010ff 2px solid; margin: 0">
          <div id="replybody1">
            <style type="text/css">#replybody1 P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
            <div dir="ltr">
              <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica,
                sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000;">Hello,</div>
              <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica,
                sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000;">I'm trying
                to find something I can run from Python to get all the
                special (high-symmetry) positions and usual (e.g.
                Wyckoff) labels for a particular space group. I can't
                find this in the sgtbx documentation. Does anyone know
                if it can be done? Or maybe a different package?</div>
              <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica,
                sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000;">Thanks -
                and stay safe!</div>
              <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica,
                sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000;">Steve
                Collins</div>
              <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica,
                sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000;"> </div>
              <p align="justify"> </p>
              <p align="justify">-- </p>
              <p align="justify">This e-mail and any attachments may
                contain confidential, copyright and or privileged
                material, and are for the use of the intended addressee
                only. If you are not the intended addressee or an
                authorised recipient of the addressee please notify us
                of receipt by returning the e-mail and do not use, copy,
                retain, distribute or disclose the information in or
                attached to the e-mail.<br>
                Any opinions expressed within this e-mail are those of
                the individual and not necessarily of Diamond Light
                Source Ltd. <br>
                Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this
                e-mail or any attachments are free from viruses and we
                cannot accept liability for any damage which you may
                sustain as a result of software viruses which may be
                transmitted in or with the message.<br>
                Diamond Light Source Limited (company no. 4375679).
                Registered in England and Wales with its registered
                office at Diamond House, Harwell Science and Innovation
                Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br>
                 </p>
            </div>
          </div>
          <br>
          <div class="pre" style="margin: 0; padding: 0; font-family:
            monospace">_______________________________________________<br>
            cctbxbb mailing list<br>
            <a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org"
              moz-do-not-send="true">cctbxbb@phenix-online.org</a><br>
            <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb"
              target="_blank" rel="noopener noreferrer"
              moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a></div>
        </blockquote>
        <br>
        <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
        <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
cctbxbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org" moz-do-not-send="true">cctbxbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb" moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a>
</pre>
      </blockquote>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>