<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi Steve,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
check this website:</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<a href="http://cci.lbl.gov/cctbx/cctbx_web.cgi">http://cci.lbl.gov/cctbx/cctbx_web.cgi</a><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
It demonstrates what information you can extract from a space group using cctbx.</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Cheers,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Oleg.</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> cctbxbb-bounces@phenix-online.org &lt;cctbxbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) &lt;steve.collins@diamond.ac.uk&gt;<br>
<b>Sent:</b> 23 March 2020 09:40<br>
<b>To:</b> cctbx mailing list &lt;cctbxbb@phenix-online.org&gt;; Tristan Croll &lt;tic20@cam.ac.uk&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: [cctbxbb] Find special positions for a spacegroup in sgtbx</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Calibri}
@font-face
        {font-family:Consolas}
p.x_MsoNormal, li.x_MsoNormal, div.x_MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif}
a:link, span.x_MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline}
a:visited, span.x_MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline}
p
        {margin-right:0cm;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif}
pre
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New"}
p.x_msonormal0, li.x_msonormal0, div.x_msonormal0
        {margin-right:0cm;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif}
span.x_HTMLPreformattedChar
        {font-family:Consolas}
span.x_EmailStyle21
        {font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:#1F497D}
.x_MsoChpDefault
        {font-size:10.0pt}
@page WordSection1
        {margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt}
div.x_WordSection1
        {}
-->
</style>
<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div class="x_WordSection1">
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">Thanks Both,</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">What I really need is, for a given spacegroup (e.g. by number), the set of symmetry operators and a list of special positions with Wyckoff symbols. I guess
 it�s not too hard to calculate them but then I need to understand the definition of the Wyckoff symbols, so I just wondered it if it was already available to save me the job (and chance of errors!).</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">Some machine-readable version of the International Tables would be ideal.</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">Cheers!</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">Steve</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">&nbsp;</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#1F497D">&nbsp;</span></p>
<div>
<div style="border:none; border-top:solid #E1E1E1 1.0pt; padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="x_MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"> cctbxbb-bounces@phenix-online.org &lt;cctbxbb-bounces@phenix-online.org&gt;
<b>On Behalf Of </b>Pavel Afonine<br>
<b>Sent:</b> 22 March 2020 15:53<br>
<b>To:</b> cctbx mailing list &lt;cctbxbb@phenix-online.org&gt;; Tristan Croll &lt;tic20@cam.ac.uk&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: [cctbxbb] Find special positions for a spacegroup in sgtbx</span></p>
</div>
</div>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">@Steve: if interested, I can send you an example. Otherwise, grepping in cctbx code base for 'spacial position' will yield a ton of examples.<br>
Pavel</p>
<div>
<p class="x_MsoNormal">On 3/22/20 08:51, Pavel Afonine wrote:</p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt; margin-bottom:5.0pt">
<p class="x_MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Tristan,<br>
<br>
in CCTBX you can find if an atom (or, generally, a point in space) belongs to a special position.<br>
<br>
Pavel</p>
<div>
<p class="x_MsoNormal">On 3/22/20 05:49, Tristan Croll wrote:</p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt; margin-bottom:5.0pt">
<p>If there isn't already a pre-existing method in CCTBX, I recently did something along these lines using ChimeraX and Clipper (drawing all the symmetry axes in a unit cell - see attached example). The source code is at
<a href="https://github.com/tristanic/chimerax-clipper/blob/master/src/geometry/symmetry_axes.py">
https://github.com/tristanic/chimerax-clipper/blob/master/src/geometry/symmetry_axes.py</a> - should be fairly straightforward to port the logic to CCTBX.</p>
<div id="x_signature">
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
</div>
<p>&nbsp;</p>
<p id="x_reply-intro">On 2020-03-22 12:00, Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) wrote:</p>
<blockquote style="border:none; border-left:solid #1010FF 1.5pt; padding:0cm 0cm 0cm 5.0pt; margin-left:0cm; margin-right:0cm">
<div id="x_replybody1">
<div>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">Hello,</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">I'm trying to find something I can run from Python to get all the special (high-symmetry) positions and usual (e.g. Wyckoff) labels for a particular space group. I can't find
 this in the sgtbx documentation. Does anyone know if it can be done? Or maybe a different package?</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">Thanks - and stay safe!</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">Steve Collins</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:black">&nbsp;</span></p>
</div>
<p>&nbsp;</p>
<p>--&nbsp;</p>
<p>This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify us of receipt
 by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br>
Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd.
<br>
Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br>
Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br>
&nbsp;</p>
</div>
</div>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
<div>
<p class="x_MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">_______________________________________________<br>
cctbxbb mailing list<br>
<a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org">cctbxbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a></span></p>
</div>
</blockquote>
<p class="x_MsoNormal"><br>
<br>
</p>
<pre>_______________________________________________</pre>
<pre>cctbxbb mailing list</pre>
<pre><a href="mailto:cctbxbb@phenix-online.org">cctbxbb@phenix-online.org</a></pre>
<pre><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/cctbxbb</a></pre>
</blockquote>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
</blockquote>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
</div>
<p align="justify">&nbsp;</p>
<p align="justify">--&nbsp;</p>
<p align="justify">This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify
 us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br>
Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd.
<br>
Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br>
Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br>
&nbsp;</p>
</div>
</body>
</html>