[phenixbb] protein atom selection
Pavel Afonine
pafonine at lbl.gov
Fri Feb 3 11:54:39 PST 2017
Hi Wolfram,
> in my hands and to my surprise, PHENIX atom selections such as
> "protein" or "peptide" would include a co-factor like SAM. Did others
> notice that also? Is this behavior what most users would want or even
> expect?
to identify protein it uses common protein names:
"GLY",
"ALA",
"VAL",
"LEU",
"ILE",
"MET",
"MSE",
"PRO",
"PHE",
"TRP",
"SER",
"THR",
"ASN",
"GLN",
"TYR",
"CYS",
"LYS",
"ARG",
"HIS",
"ASP",
"GLU",
and modified protein names:
"02K", // parent is ALA
"02O",
"02Y",
"0CS",
"0FL",
"0NC",
"175",
"1AC",
"1L1",
"1PI",
"23P",
"2AG",
"2RA",
"33W",
"3GA",
"3WS",
"4U7",
"4WQ",
"5AB",
"5OH",
"6GL",
"AA4",
"ABA",
"AHO",
"AHP",
"AIB",
"ALC",
"ALN",
"ALS",
"AN8",
"AYA",
"AZH",
"B2A",
"B3A",
"BP5",
"C22",
"CLV",
"CRX",
"CWD",
"DAB",
"DBZ",
"DDZ",
"DNP",
"DNW",
"DPP",
"FB5",
"FB6",
"FLA",
"HQA",
"IAM",
"KNB",
"LAL",
"MA",
"MAA",
"MDO",
"NA8",
"NAL",
"NCB",
"NPI",
"ONH",
"ORN",
"PIA",
"PYA",
"S2P",
"SE7",
"TIH",
"UM1",
"UM2",
"UMA",
"X9Q",
"XW1",
"Z01",
"ZZJ",
"0AR", // parent is ARG
"0X9",
"2MR",
"2OR",
"4AR",
"9NR",
"AAR",
"AGM",
"AR2",
"ARM",
"BOR",
"CIR",
"DA2",
"DIR",
"FIO",
"HAR",
"HMR",
"HR7",
"HRG",
"IAR",
"IOR",
"MGG",
"MMO",
"MYN",
"NMM",
"NNH",
"ORQ",
"RGL",
"THZ",
"VR0",
"02L", // parent is ASN
"823",
"9DN",
"A5N",
"AFA",
"AHB",
"AS7",
"DMH",
"MEN",
"NYG",
"SD4",
"XSN",
"0A0", // parent is ASP
"0AK",
"0TD",
"999",
"AEI",
"ASA",
"ASB",
"ASL",
"BFD",
"BH2",
"BHD",
"D2T",
"DMK",
"DYG",
"LAA",
"OHS",
"OXX",
"PHD",
"SIC",
"SUI",
"TAV",
"XYG",
"03Y", // parent is CYS
"07O",
"0A8",
"0QL",
"2CO",
"2XA",
"30V",
"31Q",
"3X9",
"4GJ",
"5CS",
"AGT",
"BB6",
"BB7",
"BB9",
"BBC",
"BCS",
"BCX",
"BPE",
"BUC",
"C1T",
"C3Y",
"C4R",
"C5C",
"C6C",
"CAF",
"CAS",
"CCS",
"CCY",
"CGV",
"CME",
"CMH",
"CML",
"CMT",
"CS1",
"CS3",
"CS4",
"CSA",
"CSB",
"CSD",
"CSJ",
"CSO",
"CSP",
"CSR",
"CSS",
"CSU",
"CSX",
"CSZ",
"CY0",
"CY1",
"CY3",
"CY4",
"CYD",
"CYF",
"CYG",
"CYQ",
"CYR",
"CYW",
"CZ2",
"CZZ",
"DC2",
"DYS",
"ECX",
"EFC",
"FFM",
"FOE",
"GT9",
"GYC",
"HCM",
"HNC",
"HTI",
"ICY",
"JJJ",
"JJK",
"JJL",
"K1R",
"M0H",
"MCS",
"MD3",
"MD5",
"NPH",
"NYB",
"NYS",
"OCS",
"OCY",
"P1L",
"PBB",
"PEC",
"PR3",
"PYX",
"QCS",
"QPA",
"R1A",
"S2C",
"SAH",
"SCH",
"SCS",
"SCY",
"SHC",
"SIB",
"SMC",
"SNC",
"SOC",
"SYS",
"TNB",
"TQZ",
"TSY",
"XCN",
"YCM",
"ZZD",
"08P", // parent is DCY
"QDS", // parent is DSN
"UDS",
"XDT", // parent is DTH
"CRQ", // parent is GLN
"ECC",
"GHG",
"GNC",
"LMQ",
"MEQ",
"MGN",
"NLQ",
"QFG",
"QLG",
"QMM",
"11W", // parent is GLU
"3GL",
"3O3",
"9NE",
"AR4",
"CGA",
"CGU",
"CRU",
"EME",
"G01",
"G8M",
"GAU",
"GHC",
"GHW",
"GLJ",
"GMA",
"GME",
"GSU",
"LME",
"MEG",
"PCA",
"X2W",
"3XH", // parent is GLY
"4F3",
"5PG",
"9DS",
"CHP",
"CJO",
"CQ2",
"CR2",
"CR5",
"CZO",
"FGL",
"GEE",
"GLZ",
"GSC",
"HGY",
"I4G",
"IGL",
"LPG",
"LVG",
"M30",
"MD6",
"MEU",
"MFC",
"MPQ",
"NLY",
"NMC",
"PRV",
"SAR",
"SHP",
"UGY",
"WCR",
"2HF", // parent is HIS
"2SO",
"3AH",
"3ZH",
"B3U",
"CR8",
"DDE",
"HBN",
"HHI",
"HIA",
"HIC",
"HIP",
"HIQ",
"HS8",
"HS9",
"HSK",
"HSO",
"HSV",
"IEY",
"MHS",
"NEP",
"NZH",
"OHI",
"OLD",
"OYL",
"PSH",
"PVH",
"RC7",
"Z70",
"7JA", // parent is ILE
"B2I",
"BIU",
"I2M",
"IIL",
"ILM",
"ILX",
"IML",
"OIM",
"QIL",
"TS9",
"0AG", // parent is LEU
"2ML",
"AN6",
"BL2",
"BLE",
"DON",
"EXY",
"FLE",
"HL2",
"HLU",
"L3O",
"LED",
"LEF",
"LEH",
"LEN",
"LNE",
"LNM",
"MHL",
"MK8",
"MLE",
"MLL",
"MNL",
"NLB",
"NLE",
"NLN",
"NLO",
"NLP",
"NOT",
"NRP",
"WLU",
"2KK", // parent is LYS
"2KP",
"3QN",
"4AK",
"6CL",
"6HN",
"ALY",
"API",
"APK",
"AZK",
"BLY",
"BTK",
"C1X",
"CLG",
"CLH",
"CR7",
"CYJ",
"DLS",
"DM0",
"DNL",
"DNS",
"ELY",
"FAK",
"FDL",
"FH7",
"FHL",
"FHO",
"FZN",
"GPL",
"I58",
"IEL",
"IT1",
"KBE",
"KCR",
"KCX",
"KFP",
"KGC",
"KPI",
"KPY",
"KST",
"KYQ",
"L5P",
"LA2",
"LBY",
"LCK",
"LDH",
"LET",
"LGY",
"LLO",
"LLP",
"LLY",
"LLZ",
"LMF",
"LP6",
"LRK",
"LSO",
"LYF",
"LYN",
"LYR",
"LYU",
"LYX",
"LYZ",
"M2L",
"M3L",
"M3R",
"MCL",
"ML3",
"MLY",
"MLZ",
"MYK",
"OBS",
"PE1",
"PRK",
"SHR",
"SLL",
"SLZ",
"TLY",
"VB1",
"XX1",
"2FM", // parent is MET
"4CY",
"CH6",
"CRK",
"CXM",
"EYG",
"FME",
"IZO",
"KOR",
"M2S",
"ME0",
"MHO",
"MME",
"MSE",
"MSL",
"MSO",
"MT2",
"NRQ",
"OMT",
"SME",
"0A9", // parent is PHE
"0BN",
"1PA",
"200",
"23F",
"33S",
"3CF",
"4AF",
"4CF",
"4OU",
"4PH",
"9NF",
"B2F",
"BB8",
"BIF",
"BNN",
"CFY",
"DAH",
"F2F",
"FC0",
"FCL",
"H14",
"HOX",
"HPE",
"HPQ",
"MEA",
"MHU",
"NFA",
"OFM",
"PBF",
"PCS",
"PF5",
"PFF",
"PHA",
"PHI",
"PHL",
"PM3",
"PPN",
"QPH",
"SMF",
"T11",
"TEF",
"TFQ",
"U3X",
"WFP",
"WPA",
"ZCL",
"037", // parent is PRO
"04U",
"04V",
"05N",
"0LF",
"0Y8",
"11Q",
"12L",
"12X",
"12Y",
"2MT",
"2P0",
"3PX",
"3WX",
"4FB",
"4KY",
"4L0",
"DPL",
"FP9",
"FPK",
"H5M",
"HY3",
"HYP",
"HZP",
"LPD",
"LWY",
"MP8",
"N7P",
"N80",
"P2Y",
"PH6",
"PLJ",
"POM",
"PR4",
"PR7",
"PR9",
"PRJ",
"PRS",
"PXU",
"RT0",
"TPJ",
"TPK",
"VH0",
"XPR",
"YPR",
"ZYJ",
"ZYK",
"XPL", // parent is PYL
"30F", // parent is SEC
"PSW",
"UOX",
"0AH", // parent is SER
"1X6",
"2JG",
"2RX",
"2ZC",
"4OV",
"4OZ",
"8SP",
"AZS",
"BG1",
"BSE",
"CSH",
"CWR",
"DBS",
"DHA",
"FGP",
"GFT",
"GVL",
"GYS",
"HSE",
"HSL",
"IIC",
"LPS",
"MH6",
"MIR",
"MIS",
"N10",
"NC1",
"OAS",
"OLZ",
"OMH",
"OSE",
"PG1",
"RVX",
"RZ4",
"S12",
"SAC",
"SBL",
"SDB",
"SDP",
"SEB",
"SEE",
"SEL",
"SEM",
"SEN",
"SEP",
"SET",
"SGB",
"SOY",
"SRZ",
"SUN",
"SVA",
"SVV",
"SVW",
"SVX",
"SVY",
"SVZ",
"SWG",
"SXE",
"TIS",
"TNR",
"UF0",
"0E5", // parent is THR
"26B",
"28X",
"2QZ",
"4NT",
"4NU",
"5ZA",
"ALO",
"B27",
"BMT",
"C12",
"C99",
"CQ1",
"CR0",
"CRF",
"CRG",
"CRO",
"CTH",
"DBU",
"KWS",
"NZC",
"OTH",
"TH5",
"TH6",
"THC",
"TMD",
"TNY",
"TPO",
"XXY",
"YTH",
"Z3E",
"ZU0",
"0AF", // parent is TRP
"1TQ",
"4AW",
"4DP",
"4FW",
"4HT",
"4IN",
"5CW",
"6CW",
"CTE",
"FT6",
"FTR",
"HRP",
"HT7",
"HTR",
"KYN",
"PAT",
"R4K",
"RE0",
"RE3",
"TCR",
"TOQ",
"TOX",
"TPL",
"TQI",
"TQQ",
"TRN",
"TRO",
"TRQ",
"TRW",
"TRX",
"TRY",
"TTQ",
"WRP",
"0A1", // parent is TYR
"0EA",
"0WZ",
"0YG",
"1OP",
"1TY",
"2LT",
"2R3",
"2TY",
"3CT",
"3MY",
"3NF",
"3YM",
"4HL",
"4LZ",
"AGQ",
"AZY",
"BYR",
"DBY",
"DI7",
"DPQ",
"ESB",
"FTY",
"IYR",
"MBQ",
"MDF",
"NBQ",
"NIY",
"NTR",
"OMX",
"OMY",
"P2Q",
"P3Q",
"PAQ",
"PTH",
"PTM",
"PTR",
"T0I",
"TCQ",
"TPQ",
"TTS",
"TXY",
"TY1",
"TY2",
"TY5",
"TY8",
"TY9",
"TYB",
"TYI",
"TYJ",
"TYN",
"TYO",
"TYQ",
"TYS",
"TYT",
"TYY",
"U2X",
"YPZ",
"0AB", // parent is VAL
"2VA",
"34E",
"9NV",
"A8E",
"B2V",
"FVA",
"HVA",
"LE1",
"LVN",
"MVA",
"NVA",
"TBG",
"VAD",
"VAH",
"WVL",
This does not include SAM. What is SAM, after all?
Pavel
More information about the phenixbb
mailing list