<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Tom,<br>
<br>
we used to have this parameter (do_simulated_annealing under simulated
annealing parameters scope), but it is gone while ago. To run SA in
normal refinement you just say, for example:<br>
<pre wrap="">% phenix.refine l.mtz l.pdb main.simulated_annealing=true --overwrite

Pavel.

</pre>
<br>
Thomas C. Terwilliger wrote:<br>
<blockquote
 cite="mid56262.128.165.0.81.1152919085.squirrel@webmail.lanl.gov"
 type="cite">
  <pre wrap="">Hi Nick,

Great.  In testing this, I found there is one more thing to do to make the
simulated annealing actually happen:

Edit the file $PHENIX/phenix/phenix/autosol/run_phenix_refine.py  at line
144 from
        self.params.refinement.simulated_annealing.do_simulated_annealing=True

to:
        self.params.refinement.main.simulated_annealing=True

(don't change the indentation or anything, just the text).

Ralf:  can you possibly verify that this is the correct current syntax?

This will in fact do SA refinement once per build cycle, just as you
originally asked for.

Thanks!
-Tom T



  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Tom,

made the changes to AutoBuild.py, works like a charm now!  Thanks!



cheers,
Nick




----- Original Message -----
From: "Tom Terwilliger" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:terwilliger@lanl.gov">&lt;terwilliger@lanl.gov&gt;</a>
To: "PHENIX user mailing list" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">&lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;</a>
Sent: Friday, July 14, 2006 4:58 PM
Subject: Re: [phenixbb] s_annealing within AutoBUILD


    </pre>
    <blockquote type="cite">
      <pre wrap="">Hi Nick,

Oops. I didn't recheck to make sure it comes up.  It should have but
doesn't.  I left it off the menu I'm afraid.
-Tom T

ps. If you want to be adventurous, go to the file

$PHENIX/phenix/phenix/wizards/AutoBuild.py

First copy the file to AutoBuild.py.orig to be safe, then

edit line 3342 from:

        'start_chains_list','two_fofc_in_rebuild','input_labels',

to say instead


'start_chains_list','two_fofc_in_rebuild','input_labels','s_annealing',

and then close the wizard and open it again. This adds s_annealing to
the
menu and hopefully should cure the problem.

I'm sorry about that!
-Tom T

At 04:48 PM 7/14/2006 -0400, you wrote:
      </pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">Tom,

 I thought that I just overlooked the s_annealing parameter, but this
doesn't seem to be the case.  I don't seem to have this parameter in my
list.  I am using the latest version of PHENIX loaded onto a LINUX
workstation.

Could it be that the parameter is missing or that I may have missed
something during the installation, since I am a newbie to Linux?

Thanks again in advance for all your help!


Cheers,
Nick





----- Original Message -----
From: "Tom Terwilliger" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:terwilliger@lanl.gov">&lt;terwilliger@lanl.gov&gt;</a>
To: "PHENIX user mailing list" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">&lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;</a>
Sent: Friday, July 14, 2006 4:20 PM
Subject: Re: [phenixbb] s_annealing within AutoBUILD


        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">Hi Nick,

Yes, you can modify the parameter "s_annealing" by going to the menu
          </pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">at
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">the
bottom right corner of the Parameters (inputs) screen labelled

SET VARIABLE (Advanced users)

and selecting "s_annealing"

then click "CONTINUE" and a screen will come up allowing you to
          </pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">choose
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">Yes
or No to s_annealing.  Then when you click CONTIUE the wizard will
continue
whatever it was doing.

You can set this variable when you are setting up your run; do it any
time
before the last screen comes up.

All the best,
Tom t

At 03:54 PM 7/14/2006 -0400, Noinaj wrote:
          </pre>
          <blockquote type="cite">
            <pre wrap="">Hi,


I am running AUTOBUILD on a friend's structure, and noticed in the
            </pre>
          </blockquote>
        </blockquote>
        <pre wrap="">log
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <blockquote type="cite">
            <pre wrap="">file the s_annealing parameter set to false.  Is it possible to set
this
parameter to true when doing an AUTOBUILD run, say to do s_a after
            </pre>
          </blockquote>
        </blockquote>
        <pre wrap="">each
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <blockquote type="cite">
            <pre wrap="">build cycle?  I have read that I can use phenix.refine at the command
line
to run s_annealing, but didn't know if I could modify this option
within
the wizards.  I checked out the list of parameters which I am allowed
to
change, but didn't see s_anneal anywhere.

Thanks for all replies in advance!



Cheers,
Nick








________________________________________

Nicholas Noinaj
University of Kentucky School of Medicine
Department of Molecular and Cellular Biochemistry
Biomedical Biological Sciences Research Building, Rm 236
741 S. Limestone
Lexington, Ky 40536
Lab:  859-323-8183
Home:  859-228-0978
<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:noinaj@uky.edu">&lt;mailto:noinaj@uky.edu&gt;</a><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:noinaj@uky.edu">noinaj@uky.edu</a>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.noinaj.com">www.noinaj.com</a>


_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
            </pre>
          </blockquote>
          <pre wrap="">


Thomas C. Terwilliger
Mail Stop M888
Los Alamos National Laboratory
Los Alamos, NM 87545

Tel:  505-667-0072                 email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a>
Fax: 505-665-3024                 SOLVE web site:
          </pre>
        </blockquote>
        <pre wrap=""><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a>
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">PHENIX web site: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http:www.phenix-online.org">http:www.phenix-online.org</a>
ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web
          </pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">site:
        </pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap=""><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.techcenter.mbi.ucla.edu">http://www.techcenter.mbi.ucla.edu</a>
TB Structural Genomics Consortium web site: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.tbgenomics.org">http://www.tbgenomics.org</a>

_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

          </pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
        </pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">


Thomas C. Terwilliger
Mail Stop M888
Los Alamos National Laboratory
Los Alamos, NM 87545

Tel:  505-667-0072                 email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a>
Fax: 505-665-3024                 SOLVE web site: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a>
PHENIX web site: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http:www.phenix-online.org">http:www.phenix-online.org</a>
ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web site:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.techcenter.mbi.ucla.edu">http://www.techcenter.mbi.ucla.edu</a>
TB Structural Genomics Consortium web site: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.tbgenomics.org">http://www.tbgenomics.org</a>

_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

      </pre>
    </blockquote>
    <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>