Hi <span class="gmail_quote"><b class="gmail_sendername">Pavel !!<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </b><span class="gmail_sendername">Thanks for your answers... I have one more question..<br><br>Is it possible to set the maximum B-factor limit&nbsp; during adp refinement ( like&nbsp; in CNS... 5-100)
<br><br>Regarding rmsd question.. after model building and refinement ...i took the model and ran only xtal_pdbsubmission&nbsp; in cns. And that gave the difference rmsds (phenix 0.007&nbsp;&nbsp; &amp; cns 0.0218) thats why i got confused.
<br><br>Once again thaks for you inputs<br><br>regards<br>john<br><br></span></span><br><div><span class="gmail_quote">On 3/15/07, <b class="gmail_sendername">Pavel Afonine</b> &lt;<a href="mailto:PAfonine@lbl.gov">PAfonine@lbl.gov
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi John,<br><br>thanks for you question!<br><br>&gt; 1. Is there any utility in phenix to write out pdb formatted (which is
<br>&gt; ready to deposit) output file.. like xtal_pdbsubmission utility in CNS.<br><br>No, phenix.refine does not create the deposition ready PDB file header.<br>However, there are lots of information in the PDB file header so you can
<br>extract it and format the way you want.<br><br>&gt; 2. In Autobuild wizard how to ask the program to use the Free R flags<br>&gt; present in the file. It always generates new Free R flags during<br>&gt; refinement.<br>
<br>This is a question for Tom Terwilliger. I hope he will answer it.<br><br>&gt; Does the rmsd estimation (for eg. rmsd_bonds ) depends on the program<br>&gt; we use ??<br><br>Different programs use different dictionaries for the standard geometry,
<br>so it&#39;s not surprising the migrating from one program to another you get<br>slightly different values.<br><br>Also, it is important to look at the values at right moment: for example<br>if CNS gave you 0.0218 A but&nbsp;&nbsp;
phenix.refine says it it 0.007A, to me it<br>looks like phenix.refine already did some refinement and as result the<br>values are not really comparable.<br><br>Please, let me know you still have questions!<br>Pavel.<br>_______________________________________________
<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
</a><br></blockquote></div><br>