<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">


<TITLE>More stringent water picking</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1590" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY text=#000000 bgColor=#ffffff>
<DIV><SPAN class=384501517-19032007><FONT face=Arial color=#0000ff>Thanks 
Guys,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=384501517-19032007><FONT face=Arial 
color=#0000ff></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=384501517-19032007><FONT face=Arial color=#0000ff>would it be 
possible to implement the H-bonding criteria? From my experience with CNS it 
worked quite nicely. Right now I end up with ~350 waters in a 2.3 A structure of 
a 30kDa protein, which is a bit much.</FONT></SPAN></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr 
style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  phenixbb-bounces@phenix-online.org 
  [mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org]<BR><B>Sent:</B> Monday, March 19, 
  2007 1:02 PM<BR><B>To:</B> PHENIX user mailing list<BR><B>Subject:</B> Re: 
  [phenixbb] More stringent water picking<BR><BR></FONT></DIV>Hi 
  Carsten,<BR><BR>thanks for your question!<BR><BR>The main water picking 
  criteria in phenix.refine are:<BR>1) Fo-Fc map;<BR>2) 2Fo-Fc map;<BR>3) 
  macromolecule - water distance;<BR>4) water-water distance;<BR>5) B-factors 
  and occupancies&nbsp; max/min values;<BR>plus some more of expert level 
  ...<BR><BR>There is no specific H-bonding criteria implemented.&nbsp; You can 
  play with sigma cutoff for both maps and with the distances above. In most of 
  the cases it the reasonable behavior.<BR><BR>I would be interested in Paul's 
  (Adams) comments about his experience of usefulness of H-bonding criteria in 
  CNS.<BR><BR>Thanks!<BR>Pavel.<BR><BR><BR><BR>Schubert, Carsten [PRDUS] wrote: 
  <BLOCKQUOTE 
  cite=mid3970491E94D81A4BBF6831B45EC2554A0A0F7D5B@prdusraexs24.ncs.jnj.com 
  type="cite">
    <META content="MS Exchange Server version 6.5.7651.59" name=Generator><!-- Converted from text/rtf format -->
    <P><FONT face=Arial>Hi,</FONT> </P>
    <P><FONT face=Arial>is it possible to increase the stringency criteria for 
    picked waters, besides increasing the sigma level? E.G. something on the 
    order of the H-bonding criterion found in CNS? I find that the automated 
    water-picking routine gives me quite a few waters, which are not necessarily 
    justified by visual inspection of the maps. </FONT></P>
    <P><FONT face=Arial>Thanks</FONT> </P>
    <P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT 
    face=Arial>Carsten</FONT> </P><BR><PRE wrap=""><HR width="90%" SIZE=4>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<A class=moz-txt-link-abbreviated href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A>
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A>
  </PRE></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>