<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Carsten,<br>
<br>
thanks for your question!<br>
<br>
The main water picking criteria in phenix.refine are:<br>
1) Fo-Fc map;<br>
2) 2Fo-Fc map;<br>
3) macromolecule - water distance;<br>
4) water-water distance;<br>
5) B-factors and occupancies&nbsp; max/min values;<br>
plus some more of expert level ...<br>
<br>
There is no specific H-bonding criteria implemented.&nbsp; You can play with
sigma cutoff for both maps and with the distances above. In most of the
cases it the reasonable behavior.<br>
<br>
I would be interested in Paul's (Adams) comments about his experience
of usefulness of H-bonding criteria in CNS.<br>
<br>
Thanks!<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
<br>
Schubert, Carsten [PRDUS] wrote:
<blockquote
 cite="mid3970491E94D81A4BBF6831B45EC2554A0A0F7D5B@prdusraexs24.ncs.jnj.com"
 type="cite">
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ">
  <meta name="Generator"
 content="MS Exchange Server version 6.5.7651.59">
  <title>More stringent water picking</title>
<!-- Converted from text/rtf format -->
  <p><font face="Arial">Hi,</font>
  </p>
  <p><font face="Arial">is it possible to increase the stringency
criteria for picked waters, besides increasing the sigma level? E.G.
something on the order of the H-bonding criterion found in CNS? I find
that the automated water-picking routine gives me quite a few waters,
which are not necessarily justified by visual inspection of the maps. </font></p>
  <p><font face="Arial">Thanks</font>
  </p>
  <p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font face="Arial">Carsten</font>
  </p>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>