<BODY contentEditable=true onload=parent.init()><P>I have seen that as well, not sure why that is. I guess it has to do with stability issues. Not sure if you can enforce the use of an ML target there.</P>
<P>Peter</P>
<P>&nbsp;</P>
<P><BR><BR>----- Original Message ----- <BR>From: Jianghai Zhu &lt;jzhu@cbr.med.harvard.edu&gt; <BR>Date: Sunday, March 25, 2007 7:14 pm <BR>Subject: Re: [phenixbb] ls_wunit_k1 <BR>To: PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt; <BR><BR>&gt; All right.&nbsp; The target for my TLS is also LS.&nbsp; Is that intentional <BR>&gt; too? <BR>&gt; Jianghai <BR>&gt; <BR>&gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; Jianghai Zhu, Ph.D <BR>&gt; CBR Institute for Biomedical Research <BR>&gt; Department of Pathology <BR>&gt; Harvard Medical School <BR>&gt; 200 Longwood Ave., Boston, MA 02115 <BR>&gt; Ph: 617-278-3211 <BR>&gt; Fx: 618-278-3232 <BR>&gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; On Mar 25, 2007, at 10:55 PM, Petrus H Zwart wrote: <BR>&gt; <BR>&gt; &gt; Yes. <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; It is more robust and used in the so called MZ protocol. It has <BR>&gt; a&nbsp; <BR>&gt; &gt; large radius of convergence. <BR>&gt; &gt; <BR>
&gt; &gt; Peter <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; ----- Original Message ----- <BR>&gt; &gt; From: Jianghai Zhu &lt;jzhu@cbr.med.harvard.edu&gt; <BR>&gt; &gt; Date: Sunday, March 25, 2007 6:25 pm <BR>&gt; &gt; Subject: Re: [phenixbb] ls_wunit_k1 <BR>&gt; &gt; To: PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; The default target for rigid body is LS from "phenix.refine -- <BR>&gt; show- <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; defaults=all".&nbsp; Is this intentional? <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; Jianghai <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; &gt; &gt; Jianghai Zhu, Ph.D <BR>&gt; &gt; &gt; CBR Institute for Biomedical Research <BR>&gt; &gt; &gt; Department of Pathology <BR>&gt; &gt; &gt; Harvard Medical School <BR>&gt; &gt; &gt; 200 Longwood Ave., Boston, MA 02115 <BR>&gt; &gt; &gt; Ph: 617-278-3211 <BR>&gt; &gt; &gt; Fx: 618-278-3232 <BR>
&gt; &gt; &gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; On Mar 25, 2007, at 10:14 PM, Jianghai Zhu wrote: <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; I checked my log file and didn't find "automatic adjustment". <BR>&gt; &gt; &gt; My <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; main target is mlhl.&nbsp; However, the target function for rigid <BR>&gt; &gt; &gt; body <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; is ls_wunit_k1.&nbsp; I didn't choose that.&nbsp; Is LS the default for <BR>&gt; &gt; &gt; rigid <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; body? <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; Jianghai <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; Jianghai Zhu, Ph.D <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; CBR Institute for Biomedical Research <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; Department of Pathology <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; Harvard Medical School <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; 200 Longwood Ave., Boston, MA 02115 <BR>
&gt; &gt; &gt; &gt; Ph: 617-278-3211 <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; Fx: 618-278-3232 <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; +++++++++++++++++++++++++++++++ <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; On Mar 25, 2007, at 10:00 PM, Ralf W. Grosse-Kunstleve wrote: <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; You are right.&nbsp; Somehow, the default target function in <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; refinement.bulk_solvent_and_scale is LS, not ML. <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; The default (phenix.refine --show-defaults=all) is actually ml. <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; However, if the main target is set to ls the&nbsp; <BR>&gt; &gt; bulk_solvent_and_scale <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; target is automatically reset to ls, too. There should be <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; corresponding <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; messages in the log file ("automatic adjustment"). <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Ralf <BR>
&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; _______________________________________________ <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; phenixbb mailing list <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; phenixbb@phenix-online.org <BR>&gt; &gt; &gt; &gt;&gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________ <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; phenixbb mailing list <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; phenixbb@phenix-online.org <BR>&gt; &gt; &gt; &gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; _______________________________________________ <BR>&gt; &gt; phenixbb mailing list <BR>&gt; &gt; phenixbb@phenix-online.org <BR>&gt; &gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb <BR>&gt; <BR>&gt; </P></BODY>