<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Jianghai,<br>
<br>
a couple of examples:<br>
<br>
1) phenix.refine data.hkl model.pdb strategy=rigid_body+individual_sites<br>
<br>
This will refine the whole model as one rigid body, plus individual
coordinates of all atoms (all B-factors will be fixed).<br>
<br>
2) phenix.refine data.hkl model.pdb
strategy=rigid_body+individual_sites&nbsp; sites.rigid_body="chain A"
sites.rigid_body="chain B" sites.individual="chain C"
sites.individual="chain D"<br>
<br>
This will refine domains A and B as two separated rigid bodies (no
refinement of individual coordinates for A and B), plus this will
refine individual coordinates all atoms in domains C and D (all
B-factors will be fixed).<br>
<br>
3) phenix.refine data.hkl model.pdb
strategy=rigid_body+individual_sites+individual_adp
sites.rigid_body="chain A" sites.rigid_body="chain B"
sites.individual="chain C" sites.individual="chain D"<br>
<br>
Same as above (example "2)") plus refinement of individual B-factors
for all atoms.<br>
<br>
4) phenix.refine data.hkl model.pdb
strategy=rigid_body+individual_sites+group_adp
sites.rigid_body="chain A" sites.rigid_body="chain B"
sites.individual="chain C" sites.individual="chain D"<br>
<br>
Same as example "2)" plus refinement of group B-factors for all atoms
(one B-factors per residue).<br>
<br>
Analogously, you can specify which B-factors you want to refine
individually and which ones you want to refine as group B. You can do
this in any combination with the examples above. Check the
Documentation for more examples, including those using TLS (using TLS
in combination with group B (as it is uniquely implemented in
phenix.refine) could be a good option to try out at 3.8A).<br>
<br>
Please let me know if you have more questions.<br>
<br>
Cheers,<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
Jianghai Zhu wrote:
<blockquote
 cite="mid880EE4EA-5B99-42B6-98F8-A6E31B4CE47E@cbr.med.harvard.edu"
 type="cite">Hi, Pavel,
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>Thanks for the suggestions.&nbsp; How do I do rigid body refinement
for parts of the structure (or fixing) and do individual parameters
refinement for the rest of the structure?&nbsp; I didn't find anything in
the document.</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>Jianghai</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div><br>
  <div> <span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
  <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
  <div>Jianghai Zhu, Ph.D</div>
  <div>CBR Institute for Biomedical Research</div>
  <div>Department of Pathology</div>
  <div>Harvard Medical School</div>
  <div>200 Longwood Ave.,&nbsp;Boston, MA 02115</div>
  <div>Ph: 617-278-3211</div>
  <div>Fx: 618-278-3232</div>
  <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  </span></span></span></span></span></span></span> </div>
  <br>
  <div>
  <div>On May 4, 2007, at 5:10 PM, Pavel Afonine wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite"> Hi Jianghai,<br>
    <br>
I see several possibilities to think about or/and try out:<br>
    <br>
1) Fix the coordinates of atoms in the domains for which the high
resolution structure is available and refine the rest;<br>
2) Refine the domains for which the high resolution structure is
available as rigid bodies and for the rest refine individual parameters;<br>
3) There is no specific option in phenix.refine to restrain the
secondary structure elements, however there is a tedious way of doing
this (according to Ralf) by defining custom bonds and angles between
specific atoms forming the secondary structure motifs. Look "Definition
of custom bonds and angles" in the latest CCI Apps phenix.refine
documentation for technical details. <br>
    <br>
You can perform "1)" and "2)" in ONE refinement run by combining
several refinement strategies and using specific selections for
refinable parameters.<br>
    <br>
Overall, at 3.8A resolution the refinement of individual atomic
parameters (coordinates, B-factors) is questionable. I would consider
to try to refine group parameters for B-factors (trough TLS or/and
group B (like one B per residue)) and try to switch between rigid body
refinement of smaller fragments of your model and refinement individual
positional parameters or mix of individual and rigid body refinement.<br>
    <br>
Also, I will think about making a specific option for automatic
generation of secondary structure restrains. However, given the amount
of work it may require this option will not appear in near future.<br>
    <br>
Pavel.<br>
    <br>
    <br>
Jianghai Zhu wrote:
    <blockquote
 cite="mid996D241F-7BD1-4EA6-A02D-2B430626BBDF@cbr.med.harvard.edu"
 type="cite">Hi all,
      <div><br class="khtml-block-placeholder">
      </div>
      <div>I am refining a low resolution structure (~3.8 A).&nbsp; For some
of the domains in the structure, we already have high resolution
structures. &nbsp;Despite of some conformational changes in some loops, the
core structures should be the same. &nbsp;I am wondering if it is possible
to restrain the secondary structures in phenix.refine.</div>
      <div><br class="khtml-block-placeholder">
      </div>
      <div>Thanks.</div>
      <div><br class="khtml-block-placeholder">
      </div>
      <div>Jianghai</div>
      <div><br>
      <div> <span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
      <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
      <div>Jianghai Zhu, Ph.D</div>
      <div>CBR Institute for Biomedical Research</div>
      <div>Department of Pathology</div>
      <div>Harvard Medical School</div>
      <div>200 Longwood Ave.,&nbsp;Boston, MA 02115</div>
      <div>Ph: 617-278-3211</div>
      <div>Fx: 618-278-3232</div>
      <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
      <div><br class="khtml-block-placeholder">
      </div>
      <br class="Apple-interchange-newline">
      </span></span></span></span></span></span></span> </div>
      <br>
      </div>
      <pre wrap=""><hr size="4" width="90%">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext"
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
    </blockquote>
    <div style="margin: 0px;">_______________________________________________</div>
    <div style="margin: 0px;">phenixbb mailing list</div>
    <div style="margin: 0px;"><a
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a></div>
    <div style="margin: 0px;"><a
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>