<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi, <br>
<br>
In upcoming version of PHENIX there will be more detailed manual for
phenix.refine.<br>
Until recently phenix.refine was not using H atoms by default. We
changed this behavior very recently. In newer version, if you have an
input PDB file
with H atoms (generated for example, with phenix.reduce), then
phenix.refine will use these hydrogens by default. You don't need to do
anything special for this.<br>
<br>
<blockquote cite="midfb36b7d94963.4963fb36b7d9@ki.se" type="cite">
  <pre wrap="">I nowadays use phenix.refine almost always in the first stages of the
refinement and later usually move to refmac. Now I have two modest
resolution structures which behave much better in phenix than in refmac. 
  </pre>
</blockquote>
<br>
This is partially because Refmac uses "2nd derivatives' minimizer".
Saying differently, given a pretty refined model out of phenix.refine
Refmac can possibly refine it some more to deeper minimum. The downside
of this is sometime higher Rfree factors.<br>
However, if you have a pretty bad starting model, phenix.refine is more
powerful than Refmac to bring this model to a reasonably refined state.<br>
<br>
<blockquote cite="midfb36b7d94963.4963fb36b7d9@ki.se" type="cite">
  <pre wrap="">B-factors on
the other hand seem to be less restrained in phenix.</pre>
</blockquote>
<br>
Here is how B-factors are restrained in phenix.refine (if TLS is not
used):<br>
<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ccp4.ac.uk/newsletters/newsletter42/content.html">http://www.ccp4.ac.uk/newsletters/newsletter42/content.html</a><br>
look for "<b>
The Phenix refinement framework </b>" by Afonine P.V.,
Grosse-Kunstleve R.W, Adams P.D.<br>
<br>
It is pretty old text, but reflects some general things. Note that "k"
and (Bi+Bj) in the ADP restraints target formula&nbsp; have now different
empirically found values.<br>
<br>
And yes, playing with wxc_scale is definitely good thing to do if
you're not happy with either Rfree-Rwork gap or stereochemistry.<br>
<br>
Analogously to wxc_scale in coordinates refinement, to play with
B-factors restraints use wxu_scale. <br>
<br>
<blockquote cite="midfa4df65810d.10dfa4df658@ki.se" type="cite">
  <pre wrap="">If I take the phenix refined coordinates, keep the aniso records from TLS and run some refmac 
cycles, my structure is better than average with regards to the clash scores (69 %). I do not 
know how valid refinement strategy this is. (Rfree-R = 5.4 %)
  </pre>
</blockquote>
<br>
Please look another post on phenixbb (Subject: "Re: [phenixbb] R-factor
problem !!!") regarding how tricky and error prone could be to jump
between different programs.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
</body>
</html>