<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Jianghai,<br>
<br>
I do not know what Refmac uses to get this estimations (I have some
ideas but I prefer to refrain from such delicate guessing) and we never
did systematic comparisons. phenix.refine estimates a coordinate error
as described in:<br>
<br>
1) V.Yu., Lunin &amp; T.P., Skovoroda. Acta Cryst. (1995). A51,
880-887.
"R-free likelihood-based estimates of errors for phases calculated from
atomic models"<br>
<br>
2) V.Y., Lunin, P.V. Afonine &amp; A.G., Urzhumtsev. Acta Cryst.
(2002). A58, 270-282.
"Likelihood-based refinement. I. Irremovable model errors"<br>
<br>
The formula is actually in the second paper, but to get a general
overview look at both papers.<br>
<br>
This error estimation is more or less ok for "relatively high"
resolution structures towards&nbsp; the "end" of refinement. Bulk solvent
correction must be turned on as well.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
Jianghai Zhu wrote:
<blockquote
 cite="mid499D8880-F187-4358-8BFC-79FE6E3D47F0@cbr.med.harvard.edu"
 type="cite">Hi,
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>I am refining a 2.6 A structure using both phenix.refine and
refmac5.&nbsp; Both programs give me similar R and Rfree values.&nbsp; But the
estimated coordinate errors are quite different.</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>From phenix.refine:</div>
  <div>maximum likelihood estimate for coordinate error: 0.42 A</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>From refmac5:</div>
  <div>estimated overall coordinate error:</div>
  <div>ESU based on R value:<span class="Apple-tab-span"
 style="white-space: pre;"> </span>0.427 A</div>
  <div>ESU based on Free R value:<span class="Apple-tab-span"
 style="white-space: pre;"> </span>0.293 A</div>
  <div>ESU based on maximum likelihood:<span class="Apple-tab-span"
 style="white-space: pre;"> </span>0.239 A</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>I am wondering why they are different.</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <div>Jianghai</div>
  <div><br>
  <div> <span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
  <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
  <div>Jianghai Zhu, Ph.D</div>
  <div>CBR Institute for Biomedical Research</div>
  <div>Department of Pathology</div>
  <div>Harvard Medical School</div>
  <div>200 Longwood Ave.,&nbsp;Boston, MA 02115</div>
  <div>Ph: 617-278-3211</div>
  <div>Fx: 618-278-3232</div>
  <div>+++++++++++++++++++++++++++++++</div>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  </span></span></span></span></span></span></span> </div>
  <br>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>