<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">It varies from 1.7 to 1.9.<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Jianghai</DIV><DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV><DIV>Jianghai Zhu, Ph.D</DIV><DIV>CBR Institute for Biomedical Research</DIV><DIV>Department of Pathology</DIV><DIV>Harvard Medical School</DIV><DIV>200 Longwood Ave., Boston, MA 02115</DIV><DIV>Ph: 617-278-3211</DIV><DIV>Fx: 618-278-3232</DIV><DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV><BR><DIV><DIV>On Aug 1, 2007, at 5:55 PM, Peter Zwart wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"> about 2 or sqrt(3)?<BR> <BR> P<BR> <BR> Jianghai Zhu wrote: <BLOCKQUOTE cite="mid6D52CDD3-4206-4DDE-BE15-FB5525A7DF16@cbr.med.harvard.edu" type="cite">I checked a few structures I refined with both phenix.refine and refmac5.  The estimated coordinate error from phenix.refine is about 2 times of that from refmac5 in every case.  I have an impression that the coordinate error is about one tenth of the data resolution.  So which value is more accurate?  <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">  </DIV>  <DIV>Jianghai</DIV>  <DIV><BR>  <DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">  <DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV>  <DIV>Jianghai Zhu, Ph.D</DIV>  <DIV>CBR Institute for Biomedical Research</DIV>  <DIV>Department of Pathology</DIV>  <DIV>Harvard Medical School</DIV>  <DIV>200 Longwood Ave., Boston, MA 02115</DIV>  <DIV>Ph: 617-278-3211</DIV>  <DIV>Fx: 618-278-3232</DIV>  <DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV>  <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">  </DIV>  <BR class="Apple-interchange-newline">  </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV>  <BR>  <DIV>  <DIV>On Aug 1, 2007, at 3:05 PM, Pavel Afonine wrote:</DIV>  <BR class="Apple-interchange-newline">  <BLOCKQUOTE type="cite"> Hi Jianghai,<BR>    <BR> I do not know what Refmac uses to get this estimations (I have some ideas but I prefer to refrain from such delicate guessing) and we never did systematic comparisons. phenix.refine estimates a coordinate error as described in:<BR>    <BR> 1) V.Yu., Lunin &amp; T.P., Skovoroda. Acta Cryst. (1995). A51, 880-887. "R-free likelihood-based estimates of errors for phases calculated from atomic models"<BR>    <BR> 2) V.Y., Lunin, P.V. Afonine &amp; A.G., Urzhumtsev. Acta Cryst. (2002). A58, 270-282. "Likelihood-based refinement. I. Irremovable model errors"<BR>    <BR> The formula is actually in the second paper, but to get a general overview look at both papers.<BR>    <BR> This error estimation is more or less ok for "relatively high" resolution structures towards  the "end" of refinement. Bulk solvent correction must be turned on as well.<BR>    <BR> Pavel.<BR>    <BR>    <BR> Jianghai Zhu wrote:    <BLOCKQUOTE cite="mid499D8880-F187-4358-8BFC-79FE6E3D47F0@cbr.med.harvard.edu" type="cite">Hi,      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <DIV>I am refining a 2.6 A structure using both phenix.refine and refmac5.  Both programs give me similar R and Rfree values.  But the estimated coordinate errors are quite different.</DIV>      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <DIV>From phenix.refine:</DIV>      <DIV>maximum likelihood estimate for coordinate error: 0.42 A</DIV>      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <DIV>From refmac5:</DIV>      <DIV>estimated overall coordinate error:</DIV>      <DIV>ESU based on R value:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </SPAN>0.427 A</DIV>      <DIV>ESU based on Free R value:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </SPAN>0.293 A</DIV>      <DIV>ESU based on maximum likelihood:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </SPAN>0.239 A</DIV>      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <DIV>I am wondering why they are different.</DIV>      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <DIV>Jianghai</DIV>      <DIV><BR>      <DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">      <DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV>      <DIV>Jianghai Zhu, Ph.D</DIV>      <DIV>CBR Institute for Biomedical Research</DIV>      <DIV>Department of Pathology</DIV>      <DIV>Harvard Medical School</DIV>      <DIV>200 Longwood Ave., Boston, MA 02115</DIV>      <DIV>Ph: 617-278-3211</DIV>      <DIV>Fx: 618-278-3232</DIV>      <DIV>+++++++++++++++++++++++++++++++</DIV>      <DIV><BR class="khtml-block-placeholder">      </DIV>      <BR class="Apple-interchange-newline">      </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV>      <BR>      </DIV>      <PRE wrap=""><HR size="4" width="90%">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<A class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A>
<A class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A>
  </PRE>    </BLOCKQUOTE>    <DIV style="margin: 0px;">_______________________________________________</DIV>    <DIV style="margin: 0px;">phenixbb mailing list</DIV>    <DIV style="margin: 0px;"><A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A></DIV>    <DIV style="margin: 0px;"><A href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A></DIV>  </BLOCKQUOTE>  </DIV>  <BR>  </DIV>  <PRE wrap=""><HR size="4" width="90%">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<A class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A>
<A class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A>
  </PRE></BLOCKQUOTE><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">phenixbb mailing list</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>