<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<meta name="generator" content="Docutils 0.3.7: http://docutils.sourceforge.net/" />
<title>phenix.pdbtools: tools for PDB file manipulations</title>
<link rel="stylesheet" href="default.css" type="text/css" />
</head>
<body>
<div class="document" id="phenix-pdbtools-tools-for-pdb-file-manipulations">
<h1 class="title">phenix.pdbtools: tools for PDB file manipulations</h1>
<p><strong>Purpose</strong></p>
<p>phenix.pdbtools is a command line tool to perform simple maipulations on a
structure in PDB file such as:</p>
<ul class="simple">
<li>shaking of coordinates (adding a random shift to coordinates)</li>
<li>rotation-translation shift of coordinates</li>
<li>shaking of occupancies</li>
<li>shaking of ADP</li>
<li>shifting of ADP (adding a constant value)</li>
<li>scaling of ADP (multiplying by a constant value)</li>
<li>setting a value to ADP</li>
<li>converting to isotropic</li>
<li>converting to anisotropic</li>
<li>removing selected part of a model</li>
</ul>
<p>All operations above can be performed on a whole model or any selected part.</p>
<p><strong>How to run</strong></p>
<p>phenix.pdbtools is run from the command line:</p>
<pre class="literal-block">
% phenix.pdbtools [options] [pdb_file] [parameter_file]
</pre>
<p><strong>To get information about command line options type</strong>:</p>
<pre class="literal-block">
% phenix.pdbtools
</pre>
<p><strong>To see all default parameters</strong>:</p>
<pre class="literal-block">
% phenix.pdbtools --show-defaults=all
</pre>
</div>
</body>
</html>