<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Todd,<br>

<br>

This table tells me that the data in P1 doesn't merge very well and

that limits for what is reasonable are maybe set to tight for your case.<br>

Try using the keyword tanh_location=0.11 and see what happens.<br>

<br>

Just looking at the table though, there seem to be a number of options

to be considered:<br>

<br>

P1: one unused symmetry operator present with R value equal 10%. Not a

good sign, sg is too low<br>

P432: ONe operator has an R value of 47%. Not a good sign, sg is too

high<br>

<br>

A couple of flavours of R3.<br>

<br>

<font size="2">| R 3 :h (x+z,y-z,-x+y+z)&nbsp;&nbsp; | 0.148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |

0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

| R 3 :h (-x+y+z,x+z,y-z)&nbsp; &nbsp; | 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

| R 3 :h (y-z,-x+y+z,x+z)&nbsp; &nbsp; | 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

| R 3 :R&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; | 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |

0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </font><br>

<br>

>From the last column it is clearly seen that an operator is present

with a R-value equal to 10%, but is not used in the point group. The

point group might be too low.<br>

<br>

The flavours of R32 don't work, as a operator is used that has a high R

value:<br>

<font size="2"><br>

| R 3 2 :h (-x+y+z,x+z,y-z) | 0.484&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

| R 3 2 :h (y-z,-x+y+z,x+z) | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

</font><br>

&nbsp;These options are nice(ish):<br>

<br>

<font size="2">| P 2 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; | 0.134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 2 2 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |

0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 2 2 (b,c,a)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.181&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |

0.480&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

</font><br>

Do you have any indication that your data is twinned?<br>

<br>

Peter<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

Green, Todd wrote:

<blockquote

 cite="mid23641A426585724B8D08AFABDD7C52D8F65E08@newton.cbse.uab.edu"

 type="cite">

  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ">

  <meta name="Generator"

 content="MS Exchange Server version 6.5.7652.24">

  <title>RE: [phenixbb] conversion from h3 to r3 with phenix apps</title>

<!-- Converted from text/plain format -->

  <p><font size="2">I'm actually not sure that it's not orthorhombic. I

know looking at the cell lengths and angles makes it very inviting to

the cubic cell and i have been working with that as a possibility. i do

have a real good suspicion that I have a pseudo-cubic cell. I can do

molecular replacement in the cubic space group but am missing some

density that I think should be there. I wanted to do molecular

replacement in the rhombohedral setting and ultimately the lower

symmetry space group too and see if I pick that density up. This is why

I wanted to know how to convert the h3 to r3 setting. the h3 cell is a

nightmare for my computer!<br>

  <br>

as a side note not all of the crystals, process in the primitive

lattice, but all process as rhombohedral. That probably means that I

have a two different types of crystals more than anything else, etc etc

etc. cross-xtal averaging is another reason to i wanted to figure out

the setting difference.<br>

  <br>

I have previously run one of my datasets processed in p1 thru Xtriage,

it said:<br>

  <br>

Exploring higher metric symmetry<br>

  <br>

The point group of data as dictated by the space group is P 1<br>

&nbsp; the point group in the niggli setting is P 1<br>

The point group of the lattice is P 4 3 2<br>

A summary of R values for various possible point groups follow.<br>

  <br>

------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

| Point group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | mean R_used | max R_used | mean R_unused

| min R_unused | choice |<br>

------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

| P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.362&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | &lt;---&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 2 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.152&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.488&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.377&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (z,x+y,-x+y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.337&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 2 2 (c,a,b)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.266&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 1 1 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.221&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 2 1 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 2 :R&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.483&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (x+y,-x+y,z)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.269&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 2 2 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 2 2 2 (x-y,x+y,z)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.339&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 (c,a,b)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.454&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.476&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (x+y,z,x-y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.483&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.483&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.351&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (-x+y,z,x+y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.351&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 1 2 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.343&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 2 :h (x+z,y-z,-x+y+z) | 0.488&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 2 2 (b,c,a)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.181&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.480&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 :h (x+z,y-z,-x+y+z)&nbsp;&nbsp; | 0.148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 2 2 2 (z,x-y,x+y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.426&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.309&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 2 :h (-x+y+z,x+z,y-z) | 0.484&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 2 2 2 (-x+y,z,x+y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.386&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.327&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 2 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.243&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.386&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 :h (-x+y+z,x+z,y-z)&nbsp;&nbsp; | 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 :h (y-z,-x+y+z,x+z)&nbsp;&nbsp; | 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 3 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.362&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (x-y,x+y,z)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.269&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 2 :h (y-z,-x+y+z,x+z) | 0.486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.492&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| R 3 :R&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| P 4 (b,c,a)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.419&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.475&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

| C 1 2 1 (z,x-y,x+y)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.481&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.337&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| 0.103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

  <br>

R_used: mean and maximum R value for symmetry operators *used* in this

point group<br>

R_unused: mean and minimum R value for symmetry operators *not used* in

this point group<br>

&nbsp;The likely point group of the data is:&nbsp; P 1<br>

  <br>

Possible space groups in this point groups are:<br>

&nbsp;&nbsp; Unit cell: (375.144, 375.711, 377.723, 90.002, 90.034, 90.094)<br>

&nbsp;&nbsp; Space group: P 1 (No. 1)<br>

  <br>

what does this say to you?<br>

  <br>

Thanks in advance-<br>

Todd<br>

  <br>

  <br>

  <br>

  <br>

-----Original Message-----<br>

From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> on behalf of Peter Zwart<br>

Sent: Fri 8/10/2007 4:35 PM<br>

To: PHENIX user mailing list<br>

Subject: Re: [phenixbb] conversion from h3 to r3 with phenix apps<br>

  <br>

Hi Todd,<br>

  <br>

Are you sure this is not cubic? You could run xtriage and find out<br>

relatively easely.<br>

  <br>

I suggest you give phenix.xmanip a try for reindexing or try to use the<br>

following one-liner:<br>

  <br>

iotbx.reflection_file_converter data.sca<br>

--change-of-basis=to_niggli_cell --sca=niggli.sca<br>

  <br>

Cheers<br>

  <br>

Peter<br>

  <br>

  <br>

  <br>

Green, Todd wrote:<br>

&gt;<br>

&gt; Hello all,<br>

&gt;<br>

&gt; I have what i believe to be a rhombohedral crystal that has an<br>

&gt; insanely large cell with the hexagonal setting:<br>

&gt;<br>

&gt; 533.026&nbsp;&nbsp; 533.026&nbsp;&nbsp; 652.887&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90.000&nbsp;&nbsp; 120.000<br>

&gt;<br>

&gt; and a modestly large cell comparatively with the rhombohedral

setting:<br>

&gt;<br>

&gt; 377 377 377 90 90 90<br>

&gt;<br>

&gt; I should be able to easily reindex to the smaller cell in scalepack<br>

&gt; but for some reason i'm not getting it to work correctly. Rather

than<br>

&gt; struggle further on a friday afternoon, i figured that i'd give a<br>

&gt; phenix app a try. i assume xtriage can do this, can someone point

me<br>

&gt; in the correct direction?<br>

&gt;<br>

&gt; thanks in advance-<br>

&gt; Todd<br>

&gt;<br>

&gt;

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&gt;<br>

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&gt; phenixbb mailing list<br>

&gt; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>

&gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>

&gt;&nbsp;&nbsp;<br>

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is no guarantee that no virus exists. You are asked to make sure you<br>

have virus protection and that it is up to date.<br>

  <br>

  <br>

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