Dear all,<br>I am a novice user of phenix.&nbsp; I am trying to obtain
phases for SAD dataset collected at 2.5 angs from autosol.But when i
give the phases to autobuild, the R-factor is not decreasing below 49%.
Also, in warp, it is unable to built with a message &quot;encounterd an
unknown element&quot;. Can someone suggest me what could be the problem.
<br clear="all"><br>Thanks for any suggestion in advance.<br><span class="sg">Tara Kashav</span><br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/3/07, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org">
phenixbb-request@phenix-online.org</a></b> &lt;<a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org">phenixbb-request@phenix-online.org</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send phenixbb mailing list submissions to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">
http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org">phenixbb-request@phenix-online.org
</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:phenixbb-owner@phenix-online.org">phenixbb-owner@phenix-online.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific
<br>than &quot;Re: Contents of phenixbb digest...&quot;<br><br><br>Today&#39;s Topics:<br><br>&nbsp;&nbsp; 1. command-line Patterson maps (Bryan W. Lepore)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------
<br><br>Message: 1<br>Date: Sun, 2 Sep 2007 00:07:51 -0500 (CDT)<br>From: &quot;Bryan W. Lepore&quot; &lt;<a href="mailto:bryanlepore@mail.utexas.edu">bryanlepore@mail.utexas.edu</a>&gt;<br>Subject: [phenixbb] command-line Patterson maps
<br>To: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>Message-ID:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;<a href="mailto:Pine.LNX.4.64.0709020001190.16588@cpe-70-116-17-26.austin.res.rr.com">Pine.LNX.4.64.0709020001190.16588@cpe-70-116-17-26.austin.res.rr.com
</a>&gt;<br>Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII; format=flowed<br><br>will phenix calculate Pattersons from trial sites or a reflection file on<br>the command line?&nbsp;&nbsp;i.e. something besides hacking what is already there.
<br><br>e.g. cns has predict_patterson.inp.&nbsp;&nbsp;i can&#39;t seem to find a way to do it<br>from the command line - such as `phenix.patterson --sg=94<br>reflections.mtz`.&nbsp;&nbsp;i saw phenix.maps but that looks like electron density
<br>only.<br><br>-bryan<br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<br><a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br><br><br>End of phenixbb Digest, Vol 22, Issue 1<br>***************************************
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tara Kashav,<br>Dr. S. Gourinath&#39;s Lab,<br>Lab No 430,<br>School of Life Sciences,<br>Jawaharlal Nehru University,<br>New Delhi - 110067