<DIV>Hi Cathy,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;You may have tried this already but if not, at this resolution and for the particular problem you mention (ligand and side chain competing for the same site) I highly recommend Shelxl. It deals with such problems like a charm.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;Cheers,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Boaz<BR><BR>----- Original Message -----<BR>From: Cathy Lawson &lt;cathy.lawson@rutgers.edu&gt;<BR>Date: Wednesday, September 5, 2007 5:32<BR>Subject: Re: [phenixbb] selective nonbonded restraint removal<BR>To: phenixbb@phenix-online.org<BR><BR>&gt; Hi Ralf,<BR>&gt; <BR>&gt; That is disappointing.&nbsp; Lovely maps produced after a <BR>&gt; few&nbsp; <BR>&gt; phenix.refine runs<BR>&gt; for a 1.6 A structure revealed an unexpected tris ligand (TAM) <BR>&gt; with&nbsp; <BR>&gt; occupancy ~0.5.<BR>&gt; The density suggests that when tris is not there,<BR>&gt; a side chain moves very close to that position, thus my question.<BR>&gt; <BR>&gt; In other regards phenix seems a great step forward in <BR>&gt; automating&nbsp; <BR>&gt; refinement, and<BR>&gt; I look forward to new developments.<BR>&gt; <BR>&gt; best wishes,<BR>&gt; Cathy<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; &gt; Hi Cathy,<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Is it possible to turn off nonbonded restraints for particular<BR>&gt; &gt; &gt; residues/monomers, or for atoms with occupancy less than 1.0?<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Nope, sorry. It is on the (long) to-do list.<BR>&gt; &gt; BTW: each time someone asks the priority goes up.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Ralf<BR>&gt; <BR>&gt; </DIV><BR><BR>Boaz Shaanan, Ph.D.
<br>Dept. of Life Sciences
<br>Ben-Gurion University of the Negev
<br>Beer-Sheva 84105
<br>Israel
<br>Phone: 972-8-647-2220 ; Fax: 646-1710
<br>Skype: boaz.shaanan</BR></BR>‎