I just tried the latest cci_apps and re-ran the refine job.&nbsp; The new version seems to clear up the problem.&nbsp; <br><br>Thanks,<br><br>Mary<br><br><div class="gmail_quote">On Feb 1, 2008 4:05 PM, Peter Zwart &lt;<a href="mailto:PHZwart@lbl.gov">PHZwart@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Mary,<br><br>Can you try and download the latest cci_apps and recompute the maps<br>with phenix.refine?<br>
I did make some updates since rc6 in the dewtinning code.<br><br>Cheers<br><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>Peter<br><br><br><br><br>2008/2/1, Mary Fitzgerald &lt;<a href="mailto:mary.x.fitzgerald@gmail.com">mary.x.fitzgerald@gmail.com</a>&gt;:<br>
&gt; Peter-<br>&gt; I&#39;ve attached an image from coot. &nbsp;I loaded my model and then a cns<br>&gt; detwinned 3fo-2fc map (purple) and the 2fo-fc (blue) from phenix both are<br>&gt; contoured at 1.5. &nbsp;The 3fo-2fc is the only map have at the moment equivalent<br>
&gt; to the 2fo-fc model although it had waters in the model. &nbsp;I have the<br>&gt; symmetry brought up and there&#39;s not a symmetry related molecule in the area.<br>&gt; &nbsp;I&#39;ve been working with this model quite a while and have never seen density<br>
&gt; there before. &nbsp; It shows up in a couple of other spots as well with nothing<br>&gt; appearing in the fo-fc maps, which I didn&#39;t show here. &nbsp;It looks as if I&#39;m<br>&gt; missing part of my model in areas that there shouldn&#39;t be any model.<br>
&gt;<br>&gt; Thanks,<br>&gt; Mary<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On Feb 1, 2008 2:59 PM, Peter Zwart &lt;<a href="mailto:PHZwart@lbl.gov">PHZwart@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Can you send a picture of the density and/or the data and model so I<br>
&gt; &gt; can have a look.<br>&gt; &gt; The detwinning is done differently and for twin fractions of 0.5<br>&gt; &gt; something weird mihgt be happening.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Peter<br>
&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; 2008/2/1, Mary Fitzgerald &lt;<a href="mailto:mary.x.fitzgerald@gmail.com">mary.x.fitzgerald@gmail.com</a>&gt;:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I&#39;m new to phenix and just installed Phenix 1.3 beta rc6.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I&#39;ve taken a data set that I&#39;ve been refining in cns and am trying<br>&gt; &gt; &gt; phenix.refine. &nbsp;The data has a twinning fraction of 0.5. &nbsp;I&#39;m seeing<br>&gt; what I<br>&gt; &gt; &gt; think is odd in the 2mFobs-DFmodel.map. &nbsp;If I&#39;m reading the<br>
&gt; documentation<br>&gt; &gt; &gt; correctly, this map should be detwinned (I also set<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; refinement.twinning.detwin.map_types.aniso_correct=true), I<br>&gt; &gt; &gt; see alot of extra density where there is no model, nor a symmetry<br>
&gt; related<br>&gt; &gt; &gt; molecule in coot. &nbsp;I don&#39;t see this extra density in my detwinned 2fofc<br>&gt; cns<br>&gt; &gt; &gt; maps.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; So, could the extra density I&#39;m seeing be due to using a different<br>
&gt; program<br>&gt; &gt; &gt; and it is detwinning the data differently. &nbsp;The extra density is from<br>&gt; the<br>&gt; &gt; &gt; twin????<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Any input would be appreciated,<br>&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Mary X. Fitzgerald<br>&gt; &gt; &gt; &nbsp;Postdoctoral Associate<br>&gt; &gt; &gt; Arnold Lab<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br></div></div></blockquote></div><br>