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<TITLE>refining nucleic acids, formats?</TITLE>

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<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hello All-<BR>

<BR>

I'm trying to refine some RNA and I can't seem to get phenix to read in my pdb file as it seems to not recognize the the nucleic acid as nucleic acid, as opposed to protein. By comparison to another pdb from the rcsb site(3b31) I seem to be following the same convention. Any suggestions on what I am doing wrong? I do have protein in the pdb as well. The protein has a different chain id.<BR>

I am running phenix-1.24.1b, my next move if I can't figure this out is to upgrade. Do I have the format of the RNA wrong?<BR>

<BR>

Here is the error message and below that is an example of the first residue of the rna.<BR>

<BR>

Cheers-<BR>

Todd<BR>

<BR>

***********************************<BR>

sorry the PDB file xxx.pdb has an incomplete residue (or conformer/residue combination) in conformer '' chain R residue U 1 because this conformer is missing the following main-chain atoms: ['N', 'CA', 'C']<BR>

***********************************<BR>

<BR>

ATOM&nbsp; 18243&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.409&nbsp; 12.832&nbsp; 14.548&nbsp; 1.00144.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

ATOM&nbsp; 18244&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.763&nbsp; 12.566&nbsp; 15.794&nbsp; 1.00144.88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18245&nbsp; C4'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.745&nbsp; 13.804&nbsp; 16.678&nbsp; 1.00145.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18246&nbsp; O4'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.036&nbsp; 13.579&nbsp; 17.920&nbsp; 1.00145.17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

ATOM&nbsp; 18247&nbsp; C1'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.400&nbsp; 14.624&nbsp; 18.811&nbsp; 1.00145.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18248&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.443&nbsp; 14.148&nbsp; 20.242&nbsp; 1.00145.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>

ATOM&nbsp; 18249&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48.886&nbsp; 14.949&nbsp; 21.229&nbsp; 1.00145.51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18250&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48.347&nbsp; 16.024&nbsp; 21.005&nbsp; 1.00145.55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

ATOM&nbsp; 18251&nbsp; N3&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48.976&nbsp; 14.439&nbsp; 22.507&nbsp; 1.00145.32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>

ATOM&nbsp; 18252&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.555&nbsp; 13.242&nbsp; 22.895&nbsp; 1.00145.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18253&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.558&nbsp; 12.920&nbsp; 24.081&nbsp; 1.00145.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

ATOM&nbsp; 18254&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.118&nbsp; 12.468&nbsp; 21.816&nbsp; 1.00145.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18255&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.045&nbsp; 12.940&nbsp; 20.562&nbsp; 1.00145.32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18256&nbsp; C2'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.735&nbsp; 15.197&nbsp; 18.331&nbsp; 1.00145.42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18257&nbsp; O2'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.561&nbsp; 16.545&nbsp; 17.935&nbsp; 1.00145.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

ATOM&nbsp; 18258&nbsp; C3'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.102&nbsp; 14.243&nbsp; 17.192&nbsp; 1.00145.51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<BR>

ATOM&nbsp; 18259&nbsp; O3'&nbsp;&nbsp; U R&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.827&nbsp; 14.863&nbsp; 16.146&nbsp; 1.00146.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>

</FONT>

</P>


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