<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

<br>

<blockquote

 cite="mid:603ABCE4-BBE1-408A-A171-DCE6A70609FD@cbr.med.harvard.edu"

 type="cite">

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">

the difference is most likely because of H atoms, indeed (deferent

"ideal" values used by phenix.reduce and Monomer Library that is  

used in

phenix.refine). In the next version of phenix.refine the geometry of H

atoms will always be regularized (unless free refinement is  

requested at

ultra-high resolution), so it will be always consistent with the  

Monomer

Library definitions.

    </pre>

  </blockquote>

  <pre wrap=""><!---->

Why not just the same value to start with?

  </pre>

</blockquote>

<br>

Because some programs tend to distort hydrogen's geometry completely

(for example, COOT after doing local RS fit) so you start refinement

with nonsense H positions. And since in riding model X-H distances are

fixed you keep having wrong values. Many users reported this problem.<br>

<br>

Pavel.<br>

<br>

I<br>

</body>

</html>