<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Christine<br>
<br>
The bond lengths (if you didn't use the --opt option) are taken from
quantum chemical calculations to generate a simple force field.&nbsp; One of
the problems with the PDB format is the ambiguity of bond orders that
can arise.&nbsp; You should run eLBOW and look at the result to check that
the bond connections and bond orders are correct.&nbsp; You can then use the
--opt option to generate a better geometry for your refinement.<br>
<br>
Regarding the covalent bonding, you have some options. You can add a
CONECT record<br>
<br>
<h2><a name="CONECT">CONECT</a></h2>
<b>Overview</b>
<p>The CONECT records specify connectivity between atoms for which
coordinates are supplied. The connectivity is described using the atom
serial number as found in the entry. CONECT records are mandatory for
HET groups (excluding water) and for other bonds not specified in the
standard residue connectivity table which involve atoms in standard
residues. These records are generated by the PDB.</p>
<b>Record Format</b>
<p></p>
<pre>COLUMNS       DATA TYPE       FIELD         DEFINITION
-------------------------------------------------------
 1 -  6       Record name     "CONECT"
 7 - 11       Integer         serial        Atom serial number
12 - 16       Integer         serial        Serial number of bonded atom
17 - 21       Integer         serial        Serial number of bonded atom
22 - 26       Integer         serial        Serial number of bonded atom
27 - 31       Integer         serial        Serial number of bonded atom

You can also use the LINK record but lets try this option first.

Nigel
</pre>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Nigel W. Moriarty, Ph.D.
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division
Lawrence Berkeley National Laboratory
Berkeley, CA 94720-8235
Phone : 510-486-5709
Fax   : 510-486-5909
Email : <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov">NWMoriarty@LBL.gov</a>
Web   : CCI.LBL.gov</pre>
</body>
</html>