<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>Hi All</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>This a question of  general Crystallography and use of Phenix to deal with twinned data.</div><div><br></div><div>I am having difficulties with a data set. We have data (2.6 ang resolution) that can be scaled and reduced in P222 with a Rmerge of 7%, the systematic absences show a screw axis ( it is P22(1)2).</div><div>However MR in Phaser failed in this orthorhombic settings when searching for  2 molecules of the  complex in the AU. </div><div>If we reduce and scale the data in P2(1) and look at the diffraction pattern in HKLVIEW there is  a /mmm symmetry. In the monoclinic P2(1) setting we can find 4 molecules of the complex (by MR in Phaser) and can refine it with Phenix  to a Rfac/Rfree of 28%/34%. 2 molecules have good electron density whereas the two other ones have one of their domain very poorly defined in density. This is looking very suspicious to me and I am wondering if this refined structure is partially wrong?</div><div><br></div><div>Meanwhile  I used phenix.triage on the data processed in P222 and I am confused with the output.  </div><div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>##----------------------------------------------------##</div><div>##                   Twinning Analyses                ##</div><div>##----------------------------------------------------##</div><div><br></div><div>Using data between 10.00 to 3.36 Angstrom.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Determining possible twin laws.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>The following twin laws have been found:</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>| Type | Axis   | R metric (%) | delta (le Page) | delta (Lebedev) | Twin law |</div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>|  PM  | 4-fold | 2.851        | 0.000           | 0.013           | -l,k,h   |</div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>M:  Merohedral twin law</div><div>PM: Pseudomerohedral twin law</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>  0 merohedral twin operators found</div><div>  1 pseudo-merohedral twin operators found</div><div>In total,   1 twin operator were found</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><div>---------------------------------------------</div><div> Analysing possible twin law :  -l,k,h</div><div>---------------------------------------------</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Results of the H-test on acentric data: </div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div> (Only 50.0% of the strongest twin pairs were used)</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>mean |H| : 0.368   (0.50: untwinned; 0.0: 50% twinned)</div><div>mean H^2 : 0.194   (0.33: untwinned; 0.0: 50% twinned)</div><div>Estimation of twin fraction via mean |H|: 0.132</div><div>Estimation of twin fraction via cum. dist. of H: 0.115</div><div><br></div><div>Britton analyses</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>  Extrapolation performed on  0.14 &lt; alpha &lt; 0.495 </div><div>  Estimated twin fraction: 0.127</div><div>  Correlation: 0.9955</div><div><br></div></div></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>By comparison if I run the detect_twin routine of CNS it tells me that they are no merohedral twin laws for the point group 222 (using the statistical method of Yeates) ? This is  confusing me quite a bit.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Assuming that the twinning law suggested by Phenix is correct how should I proceed? </div><div>I have noticed the section concerning refinement using twinned data in Phenix</div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Courier" size="3" style="font: 12.0px Courier">phenix.refine data.hkl model.pdb twin_law="-k,-h,-l" detwin.map_types.aniso_correct=true</font></div></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>but It seems I  only have a MR solution in P2(1) but not in P222(1) so how can I refine in P222(1)</div><div><br></div><div>I will greatly appreciate your input, many thanks.</div><div><br></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div><div><div>Pascal F. Egea, PhD</div><div>University of California San Francisco</div><div>Department of Biophysics and Biochemistry</div><div>Robert Stroud Laboratory</div><div><a href="mailto:pascal@msg.ucsf.edu">pascal@msg.ucsf.edu</a></div></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></body></html>