<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Mark,<br>
<br>
yes, group_occupancies is no longer there. By default, phenix.refine
will refine occupancies of all atoms in alternative conformations (the
constraints on occupancies are built automatically based on input PDB
file). <br>
<br>
On top of it, you can specify your own selections for group and
individual occupancy refinement. However note, there will be no
constraints applied to user selected occupancies.<br>
<br>
For example, if you do:<br>
group = chain A and resid 113<br>
there will be one occupancy refined per residue 113 in chain A. If you
specify multiple groups they will be treated independently.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 5/27/2008 9:28 PM, Mark Collins wrote:
<blockquote
 cite="mid:88BF56A5-17DC-43A9-806E-904A84959FE9@convex.hhmi.columbia.edu"
 type="cite">Thank you both, I am currently upgrading from 1.3b-rc6 to
1.3-rc2. &nbsp;From both your responses I take it that there is no longer a
group_occupancies option but any pdb file containing residues with
alternate conformations will be&nbsp;recognized&nbsp;automatically the
group_occupancies refined?
  <div><br>
  </div>
  <div>Mark<br>
  <div>
  <div><br>
  </div>
  <div><br>
  <div>
  <div>On May 27, 2008, at 9:00 PM, Pavel Afonine wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite">
    <div style="margin: 0px;">Hi Mark,</div>
    <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
    </div>
    <div style="margin: 0px;">1) I see from the parameters file that
you are using an outdated version<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
    <div style="margin: 0px;">of the program where there was a bug in
occupancy refinement. Please<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
    <div style="margin: 0px;">install the latest version.</div>
    <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
    </div>
    <div style="margin: 0px;">2) As Ralf mentioned, in the latest
version the constraints for<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
    <div style="margin: 0px;">occupancies of atoms in alternative
conformations are built<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
    <div style="margin: 0px;">automatically based on input PDB file.
You don't need to change any<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
    <div style="margin: 0px;">parameter for this and you don't need to
give selections too.</div>
    <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
    </div>
    <div style="margin: 0px;">Pavel.</div>
    <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
    </div>
    <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
    </div>
    <div style="margin: 0px;">On 5/27/2008 12:08 PM, Mark Collins wrote:</div>
    <blockquote type="cite">
      <div style="margin: 0px;">Hi</div>
      <div style="margin: 0px;">I have an unexpected result, my syntax
must be incorrect.<span class="Apple-converted-space">&nbsp; </span>The <span
 class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
      <div style="margin: 0px;">relevant script commands are below, the
problem is residues A113 and <span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
      <div style="margin: 0px;">B143 have alternate conformation
occupancies that sums to 0.98 to <span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
      <div style="margin: 0px;">1.06 respectively. Clearly alternate
conformations of a single <span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
      <div style="margin: 0px;">residue should sum to 1 (or less than 1
possibly). Any suggestions <span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div>
      <div style="margin: 0px;">please?</div>
      <div style="margin: 0px;">Thank you,<span
 class="Apple-converted-space">&nbsp; </span>Mark</div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp; </span>refine
{</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; </span>strategy = *individual_sites \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>rigid_body \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>*individual_adp \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>group_adp \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>tls \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>individual_occupancies \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>*group_occupancies \</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>group_anomalous \</div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
      </span>occupancies {</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; </span>individual = None</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
&nbsp; </span>group = chain A and resid 113 and altid A</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
&nbsp; </span>group = chain A and resid 113 and altid B</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
&nbsp; </span>group = chain B and resid 143 and altid A</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;
&nbsp; </span>group = chain B and resid 143 and altid B</div>
      <div style="margin: 0px;"><span class="Apple-converted-space">&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; </span>}</div>
      <div style="margin: 0px;">}</div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
      <div style="margin: 0px;">_______________________________________________</div>
      <div style="margin: 0px;">phenixbb mailing list</div>
      <div style="margin: 0px;"><a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a></div>
      <div style="margin: 0px;"><a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></div>
      <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
      </div>
    </blockquote>
    <div style="margin: 0px;">_______________________________________________</div>
    <div style="margin: 0px;">phenixbb mailing list</div>
    <div style="margin: 0px;"><a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a></div>
    <div style="margin: 0px;"><a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  <div> <span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
  <div style="margin: 0px;">----------------------------------------------------------------------------------------------</div>
  <div style="margin: 0px;">The most exciting phrase to hear in
science, the one that heralds new</div>
  <div style="margin: 0px;">discoveries, is not 'Eureka!' (I found it!)
but 'That's funny ...'</div>
  <div style="margin: 0px;">Isaac Asimov (1920 - 1992)</div>
  <div style="margin: 0px;">----------------------------------------------------------------------------------------------</div>
  <div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br>
  </div>
  <div style="margin: 0px;">Mark Collins</div>
  <div style="margin: 0px;">Columbia University</div>
  <div style="margin: 0px;">Dept. of Biochemistry &amp; Molecular
Biophysics</div>
  <div style="margin: 0px;">Hendrickson Lab,&nbsp;Black Building 259/201
Office/Lab</div>
  <div style="margin: 0px;">212 305 1951 (work)</div>
  <div style="margin: 0px;"><a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:mnc2003@columbia.edu">mnc2003@columbia.edu</a></div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  </span>
  <div><br class="khtml-block-placeholder">
  </div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  </span> </div>
  <br>
  </div>
  </div>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>