<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Jennifer,<br>

<br>

phenix.refine reports the list of highest peaks and deepest holes found

at difference map. Look towards the end of .log file for lines like

this:<br>

<br>

<font face="Courier New, Courier, monospace">========== residual map

mFobs-DFmodel: highest peaks and deepst holes =========<br>

<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

----------peaks----------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

<br>

Number of peaks found at mFobs-DFmodel map (map cutoff=3.50 sigma)=

21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

Filter by distance &amp; map next to the model:<br>

&nbsp;&nbsp; mapped sites are within: 1.002 - 3.227<br>

&nbsp;&nbsp; number of sites selected in [dist_min= 0.70, dist_max= 6.00]: 20

from: 21<br>

&nbsp;&nbsp; mapped sites are within: 1.002 - 3.227<br>

<br>

peak=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.154 closest distance to pdb=" N&nbsp;&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 " =&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.881<br>

peak=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.572 closest distance to pdb=" O&nbsp;&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 " =&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.663<br>

peak=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.895 closest distance to pdb=" CB&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 " =&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.743<br>

peak=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.186 closest distance to pdb=" N&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 " =&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.237<br>

peak=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.958 closest distance to pdb=" OE1 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 " =&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.920<br>

</font><br>

Same for negative peaks.<br>

<br>

Please let us know if you have any questions!<br>

<br>

Pavel.<br>

&nbsp;<br>

<br>

<br>

On 7/23/2008 1:22 PM, Jennifer Ekstrom wrote:

<blockquote cite="mid:488792F1.2090909@msu.edu" type="cite">

  <pre wrap="">I would like to obtain a file with a listing of positive and negative 

difference map peaks, similar in formatting and content to the files 

that would come out of cns: 

         positive peaks in: &lt;output_root&gt;_positive.peaks

         negative peaks in: &lt;output_root&gt;_negative.peaks

We need this for use in DDQ at the jcsg validation server 

(<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.jcsg.org/prod/scripts/validation/sv2.cgi">http://www.jcsg.org/prod/scripts/validation/sv2.cgi</a>).  Is there an easy 

way to create these peak files in phenix.refine?  We'd prefer to not 

re-refine in CNS as we have *many* alternate conformations... 

Thanks, Jennifer

_______________________________________________

phenixbb mailing list

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

  </pre>

</blockquote>

</body>

</html>