
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">

<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica">Hi</font> All</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">I was just going through the .help section and website documentation</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">for ordered_solvent.� And wonder if somebody could enlighten me as too</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">the meanings of;</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">ordered_solvent {</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � primary_map_type = mFobs-DFmodel</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � secondary_map_type = 2mFobs-DFmodel</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � h_bond_min_mac = 1.8</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � h_bond_min_sol = 1.8</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � h_bond_max = 3.2</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� }</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� peak_search {</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � map_next_to_model {</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � use_hydrogens = False</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � }</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � max_number_of_peaks = None</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � peak_search {</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � peak_search_level = 1</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � max_peaks = 0</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � interpolate = True</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � min_distance_sym_equiv = None</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � general_positions_only = False</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � � min_cross_distance = 1.8</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">� � }</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">What is the difference between the primary and secondary map?� Is there</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">away to pick sites in one and remove in another? Eg. pick sites at 3 sigma</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">in FoFc and remove if 1.2 sigma in 2FoFc.</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">I thought h-bonding was generously about 2.4-3.6A so why the 1.8 and 3.2</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">defaults?� Also if use_hydrogens = True, does the refinement use h_bond</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">parameters instead of model_peak_dist and peak_peak_dist parameters, or</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">both? Also what do all of the peak_search parameters do?</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">And finally does anyone have any recommendations for progessively changing</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">the ordered_solvent parameters?� In CNS we used to gradually lower the</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">2FoFc peak picking (and deleting) and increase the bfactor_max for</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">deleting?</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial" size="4" style="font: 13.0px Arial">Thanks Mark</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Arial; min-height: 15px; "><br></div><br></body></html>