<div dir="ltr">Hi I have discovered that my data in the P3 spacegroup is potentially twinned. Truncate and phenix.xtriage indicate that the twin fraction is pretty high ( between 0.35 and 0.42).<br>I am still new to twinned data refinement and still dont know which twin law to pick from the three possibilities for P3 that xtriage lists.<br>
<br>I am emailing because , Regardless of the twin law I try , phenix.refine crashes with a Segmentation fault on my Mac Pro leopard 10.5.2 running phenix. 1.3b-rc6<br>The command that ends with a Python crash and segmentation fault is <br>
<br>Command used:<br><br>phenix.refine cy_p10_2_28.1.pdb cy_p10_2_28.1_unique1.mtz simulated_annealing=true model.ncs refinement.main.ncs=true --overwrite refinement.ncs.excessive_distance_limit=None strategy=group_adp+individual_sites twin_law=&#39;-h,-k,l&#39; refinement.input.xray_data.labels=F_p10-2,SIGF_p10-2 &gt; phenix_run2_mhmkl_simulanneal.log&nbsp; <br>
<br><br>phenix.xtriage outputs<br><br>Statistics depending on twin laws<br>------------------------------------------------------------------<br>| Operator&nbsp; | type | R obs. | Britton alpha | H alpha | ML alpha |<br>------------------------------------------------------------------<br>
| -h,-k,l&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; M&nbsp; | 0.100&nbsp; | 0.406&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.407&nbsp;&nbsp; | 0.393&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>| h,-h-k,-l |&nbsp;&nbsp; M&nbsp; | 0.071&nbsp; | 0.426&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.439&nbsp;&nbsp; | 0.458&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>| -k,-h,-l&nbsp; |&nbsp;&nbsp; M&nbsp; | 0.090&nbsp; | 0.411&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.417&nbsp;&nbsp; | 0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>------------------------------------------------------------------&nbsp; <br>
<br>Can you tell me if there is something I am doing wrong .<br>Thanks a tonne for your help<br>Hari Jayaram<br>Postdoc , Brandeis University<br></div>