Dear Peter,<BR>&nbsp;<BR>The log file was attached in this email. Please check it out. <FONT color=#3a2eb5>Pavel Afonine also suggested me to refine in primitive setting. But I have no much idea about this. Would you please tell me:</FONT><BR><FONT color=#3a2eb5>(1) My crystal space group is face center f23, how could I refine in a primitive setting?</FONT><BR><FONT color=#3a2eb5>(2) In reality, how can I take action to refine in primitive setting?</FONT><BR>
<P>Sorry for my 'illiterate' in the strategy of primitive setting refinement, Please help me.</P>
<P>Yingjie</P><BR><BR>----- Original Message -----<BR>From: Peter Zwart <A href="mailto:PHZwart@lbl.gov">PHZwart@lbl.gov</A><BR>Date: Monday, August 18, 2008 3:12 pm<BR>Subject: Re: [phenixbb] MemoryError<BR>To: PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<BR><BR>&gt; Hi Yingjie ,<BR>&gt; <BR>&gt; Send me the log file please. you might want to refine in a primitive<BR>&gt; setting. that will save some/a lot of time.<BR>&gt; <BR>&gt; P<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; 2008/8/17 Yingjie Zhou &lt;yzhou83@uwo.ca&gt;:<BR>&gt; &gt; Hello every one,<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Did any of you experience the problem 'MemoryError' when doing<BR>&gt; &gt; phenix.refine? I had a perfect twin case and I used phenix <BR>&gt; refine to handle<BR>&gt; &gt; this. But I&nbsp; have met the problem 'MemorryError' and the <BR>&gt; refinement was<BR>&gt; &gt; stalked after long time running of phenix. Here is the basic info:<BR>&gt; &gt; Resolution 2.2A<BR>&gt; &gt; space group f23<BR>&gt; &gt; the protein size ~320AA<BR>&gt; &gt; my computor memory 4GB.<BR>&gt; &gt; If someone is kind enough to really help, I can send her/him <BR>&gt; the log file.<BR>&gt; &gt; Yingjie<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; phenixbb mailing list<BR>&gt; &gt; phenixbb@phenix-online.org<BR>&gt; &gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; -- <BR>&gt; -----------------------------------------------------------------<BR>&gt; P.H. Zwart<BR>&gt; Beamline Scientist<BR>&gt; Berkeley Center for Structural Biology<BR>&gt; Lawrence Berkeley National Laboratories<BR>&gt; 1 Cyclotron Road, Berkeley, CA-94703, USA<BR>&gt; Cell: 510 289 9246<BR>&gt; BCSB: http://bcsb.als.lbl.gov<BR>&gt; PHENIX: http://www.phenix-online.org<BR>&gt; CCTBX: http://cctbx.sf.net<BR>&gt; -----------------------------------------------------------------<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; phenixbb mailing list<BR>&gt; phenixbb@phenix-online.org<BR>&gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb