<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Francis,<div><br></div><div>If you are using autobuild, then it will by default identify the NCS and build into a NCS-based density-modified map. &nbsp;If you build by hand, I'd recommend the same map anyhow, because this map has automatically adjusted weighting on the NCS, so that regions that do not show the NCS should not be averaged (much) and those that do show NCS are more NCS-averaged in the density modification procedure. &nbsp;I think if you use the 2Fo-Fc map it will not be adjusted for NCS, but rather will show a standard map. &nbsp;This map may also be useful to consult to verify what parts of the structure really are different in different NCS copies.</div><div><br></div><div>-Tom T</div><div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br><div><div>On Aug 25, 2008, at 1:37 PM, Francis E Reyes wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Thanks for the reply Pavel<br><br>However, with regard to the NCS maps issue, which should I be building &nbsp;<br>to?Does the 2fofoc that phenix puts out adjusted for ncs and use that?<br><br>Thanks<br><br>FR<br><br>On Aug 25, 2008, at 11:59 AM, Pavel Afonine wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi Francis,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Also if anyone has a paper/protocol for NCS refinement, I'd love to<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">check it out (to figure out which map to fit to).<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Just something to keep in mind... I always prefer to run two &nbsp;<br></blockquote><blockquote type="cite">refinements<br></blockquote><blockquote type="cite">in parallel with and without using NCS. It's resolution (and<br></blockquote><blockquote type="cite">data-to-parameters ratio) dependent. I've seen a &nbsp;number of cases &nbsp;<br></blockquote><blockquote type="cite">where<br></blockquote><blockquote type="cite">using the NCS is very beneficial and similar number of cases where &nbsp;<br></blockquote><blockquote type="cite">it's<br></blockquote><blockquote type="cite">better to not use NCS (mostly at resolutions ~2-2.5A).<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">I would also check manually the NCS groups that are found by<br></blockquote><blockquote type="cite">phenix.refine automatically. I have some cases where automatic &nbsp;<br></blockquote><blockquote type="cite">detection<br></blockquote><blockquote type="cite">did not yield a good selection.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Pavel.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">phenixbb mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote><br>---------------------------------------------<br>Francis Reyes M.Sc.<br>215 UCB<br>University of Colorado at Boulder<br><br>gpg --keyserver pgp.mit.edu --recv-keys 67BA8D5D<br><br>8AE2 F2F4 90F7 9640 28BC &nbsp;686F 78FD 6669 67BA 8D5D<br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br></div></body></html>