<div dir="ltr"><div>Dear Phenix community members,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I have a molecular replacement solution refined agains a twinned 2.7 angstrom&nbsp;data to Rfree as 33%, with TLS and twin-law and others as default.&nbsp; The map looks good and shows extra map for my flavin ligand.&nbsp; Then I manually rebuild the model, fixing some obvious off-map residues and put a flavin molecule into the model.&nbsp; After this, I used the *def file from previous run to do another round of refinement.&nbsp; This time the Rfree increased to 36%.&nbsp; I realized that it has something to do with the TLS, isotropic and aniostropic B factor.&nbsp; However, I don&#39;t know exactly what&#39;s the reason and what to do at this stage.&nbsp; Any comments or suggestions?&nbsp; Should I do TLS refinement at the last step?</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks and Best Wishes for all,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Hua</div></div>