<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Rebecca,<div><br><div>I'm sorry this didn't get answered on the phenix_bb! I somehow missed it too.</div><div><br></div><div>When you run an omit map with&nbsp;</div><div><br></div><div>model=mymodel.pdb &nbsp;omit_box_pdb=mymodel.pdb&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas; ">omit_res_start_list=500 omit_res_end_list=500</span></div><div><br></div><div>the autobuild wizard edits mymodel.pdb, setting the occupancies of all atoms that are within a box enclosing the atoms in residue 500 of mymodel.pdb (plus a 2 A border) to zero. &nbsp;Then it runs the cycles of autobuild you specify (in this case just a SA step), and produces a density-modified map (resolve_composite_map.mtz) using the resulting model to generate phase information (and keeping the occupancies of these atoms at zero). If mydata.mtz contains phase information, that is used as well. &nbsp;</div><div><br></div><div>The output map is in&nbsp;</div><div><br></div><div>resolve_composite_map.mtz</div><div><br></div><div>and a pseudo-map showing where the OMIT region(s) is(are) located is in</div><div><br></div><div>omit_region.mtz</div><div><br></div><div><br></div><div>The &nbsp;file&nbsp;</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas; "></span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Consolas"><br></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas; ">overall_best_denmod_map_coeff.mtz</span></div><div><br></div><div>is actually not really relevant or useful when you are doing OMIT maps because it is just one of the intermediate files that are produced. &nbsp;In this particular example it will be identical to&nbsp;resolve_composite_map.mtz but if you do other types of OMIT maps it won't be the same.</div><div><br></div><div>I changed the output of the autobuild wizard recently, so you might want to upgrade to the 1.3-final version. The end of the log file in this case should say:</div><div><br></div><div><div>--------------------------------------------------</div><div>Summary of model-building for run 1 &nbsp;Tue Oct &nbsp;7 08:17:30 2008</div><div>Files are in the directory: &nbsp;/net/chevy/raid1/terwill/misc/test/AutoBuild_run_1_/</div><div><br></div><div><br></div><div>Starting mtz file: /net/chevy/raid1/terwill/misc/test/perfect.mtz</div><div>Sequence file: /net/chevy/raid1/terwill/misc/test/seq.dat</div><div><br></div><div>Composite omit map is in : /net/chevy/raid1/terwill/misc/test/AutoBuild_run_1_/OMIT/resolve_composite_map.mtz</div><div><br></div><div>Boundaries of omit regions are in : /net/chevy/raid1/terwill/misc/test/AutoBuild_run_1_/OMIT/omit_region.mtz</div><div>--------------------------------------------------</div><div><br></div><div>Which I hope is clearer than earlier output in which the&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas; ">overall_best_denmod_map_coeff.mtz&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; ">file is mentioned but is irrelevant.</span></span></div></div><div><br></div><div>I hope that helps!</div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div><div><br><div><div>On Oct 7, 2008, at 7:19 AM, Page, Rebecca wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="Section1"><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hi Tom,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I posted the question on the phenix bb and, when I got no response, shot an email over to Frank von Delft, an old friend, to see if he knew answer.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">He didnít, but recommended I email you directly and to ďask him to post the answer on the general bb :)Ē. He also mentioned he hadnít seen the post on the phenix bb and I would be interested to know if you did not see it either (I received it).<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">At any rate, here it goes:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> I am newcomer to phenix and have a rookie question about the generated<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> files using the phenix.autobuild command. I generated an sa-omit map<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> of my model, omitting the coordinates for a bound ligand (ligand is<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> residue<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> 500):<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> phenix.autobuild data=mydata.mtz model=mymodel.pdb<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> omit_box_pdb=mymodel.pdb omit_res_start_list=500 omit_res_end_list=500<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> omit_chain_list=A composite_omit_type=sa_omit<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> The output omit map (resolve_composite_map.mtz) looks great.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> My question is:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> What, exactly, is the "overall_best_denmod_map_coeff.mtz" in this case<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 10.5pt; font-family: Consolas; ">> and how is it related, if at all, to the "resolve_composite_map.mtz"?<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Thanks for your help,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Rebecca<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: black; ">Rebecca Page</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; ">Brown University</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div></div></div></span></blockquote></div><br></div></div></body></html>