<pre><font size="4"><font face="arial,helvetica,sans-serif">Thanks Nigel. <br>The CIF files generated by SKETCHER in ccp4i work fine in both phenix.refine and refmac, but seems they don&#39;t work in phenix.autobuild....(they should work the same right?)<br>
I am not sure why, but I will try what you suggested. Thank you so much again!<br><br>Matt<br>&nbsp;</font></font><br>
<br>Matt<br><br><br>&gt;<i> 1. AutoBuild Wizard will use phenix.elbow to generate geometries for <br></i>&gt;<i> any ligands that are not recognized, but how can I find out which <br></i>&gt;<i> ligands that can actually be recognized by phenix? Or to be save, we <br>

</i>&gt;<i> better run elbow to generate the libraries for every single ligands?<br></i>There are a number of tools available.<br><br>phenix.pdbtools file.pdb<br><br>will tell you if a PDB file has non-recognised ligands.<br>

<br>phenix.elbow --do-all model.pdb<br><br>will calculate all the ligands in the PDB file.<br><br>phenix.ready_set model.pdb<br><br>will calculate all the ligands and check that the atom names are <br>correct.  It also adds hydrogens among other things.<br>

&gt;<i> 2. eLBOW can automatically add hydrogens to the input molecules if <br></i>&gt;<i> there are less than a quarter of the possible hydrogens, however this <br></i>&gt;<i> command doesn&#39;t work: phenix.elbow input_file.pdb <br>

</i>&gt;<i> --add-hydrogens=True, and I can&#39;t find this option under the elbow manual?<br></i>&gt;<i> And actually I would like to remove those hydrogens so it should be <br></i>&gt;<i> &quot;add-hydrogens=false&quot;? I am now using phenix-1.3-rc2.<br>

</i><br>To get an absolute list of the options you can<br><br>phenix.elbow --help<br><br>The --add-hydrogens options overwrites the automatic choice by eLBOW.  <br>If you don&#39;t want the hydrogens in your PDB and CIF files use <br>

--write-hydrogens=False.  This arises because the internal <br>representation must have the hydrogens for accurate geometries and <br>restraints.<br><br>Nigel<br><br>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>

Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709<br>Fax   : 510-486-5909<br>Email : <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">NWMoriarty at LBL.gov</a><br>
Web   : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a><br>
</pre><br clear="all"><br>-- <br>----------------------------------------------------------------------------<br>Matthew LH Chu<br>PhD Student<br>School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences <br>University of Manchester<br>

----------------------------------------------------------------------------<br><br>