<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mo,<div><br></div><div>When you run AutoSol, the summary will tell you which is the best overall solution: &nbsp;see near the end of the AutoSol_run_1_/AutoSol_run_1_1.log file or the</div><div>AutoSol_run_1_/AutoSol_summary.dat file which will look like:</div><div><br></div><div><div>-----------CURRENT SOLUTIONS FOR RUN 1 : -------------------</div><div><br></div><div>&nbsp;*** FILES ARE IN THE DIRECTORY: AutoSol_run_1_ ****</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Solution # 28 &nbsp;BAYES-CC: 57.4 +/- 14.2 Dataset #1 &nbsp; SG: "C 1 2 1" &nbsp; FOM: 0.49</div><div><br></div><div>Solution 28 based on diff Fourier using denmod solution 7. Dataset #1 SG="C 1 2 1"</div><div>Dataset number: 1</div><div>Dataset type: mad</div><div>Datafiles used: ['/net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/high.sca', '/net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/infl.sca', '/net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/peak.sca']</div><div>Sites: 2 (Already used for Phasing at resol of 2.6) &nbsp; &nbsp; &nbsp;Refined Sites: 2</div><div>NCS information &nbsp;in: AutoSol_28.ncs_spec</div><div>Experimental phases in: solve_28.mtz</div><div>Experimental phases plus FreeR_flags for refinement in: exptl_fobs_phases_freeR_flags_28.mtz</div><div>Density-modified phases in: resolve_28.mtz</div><div>HA sites (PDB format) in: ha_28.pdb_formatted.pdb</div><div>Sequence file in: sequence.dat</div><div>Model in: refine_23.pdb</div><div><br></div><div><br></div><div>The best solution is listed first. So this is the one you want. In this example your "solve" file is solve_28.mtz. &nbsp;If you are running SAD phasing, then this will instead be a "phaser" file. &nbsp;Your "resolve" file is resolve_28.mtz.</div><div><br></div><div><br></div><div>In AutoBuild, there is no "solve_..".mtz, as experimental phases are fixed in those runs. &nbsp;The solve....mtz experimental phases from AutoSol are copied to a file like "exptl_fobs_phases_freeR_flags.mtz" and are used in density modification and refinement. &nbsp;The best density-modified phases are in the overall_best_denmod_map_coeffs.mtz, and the AutoBuild_run_1_/AutoBuild_summary.dat file will tell you which cycle they came from:</div><div><br></div><div><div>Summary of model-building for run 1 &nbsp;Sun Nov 16 21:33:01 2008</div><div>Files are in the directory: &nbsp;/net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/AutoBuild_run_1_/</div><div><br></div><div><br></div><div>Starting mtz file: /net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/AutoSol_run_1_/solve_28.mtz</div><div>Sequence file: /net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/AutoSol_run_1_/sequence.dat</div><div>File with locations where density is to be truncated: /net/firebird/scratch1/terwill/run_111608a/MAD/gene-5/AutoSol_run_1_/ha_28.pdb_formatted.pdb</div><div><br></div><div>Best solution on cycle: 5 &nbsp; &nbsp;R/Rfree=0.22/0.31</div><div><br></div><div>Summary of output files for Solution 5 from build cycle 5</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Model (PDB file) &nbsp;---</div><div>pdb_file: AutoBuild_run_1_/cycle_best_5.pdb</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Refinement log file ---</div><div>log_refine: AutoBuild_run_1_/cycle_best_5.log_refine</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Model-building log file ---</div><div>log: AutoBuild_run_1_/cycle_best_5.log</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Model-map correlation log file ---</div><div>log_eval: AutoBuild_run_1_/cycle_best_5.log_eval</div><div><br></div><div>--- &nbsp;2FoFc and FoFc map coefficients from refinement 2FOFCWT PH2FOFCWT FOFCWT PHFOFCWT ---</div><div>refine_map_coeffs: AutoBuild_run_1_/cycle_best_refine_map_coeffs_5.mtz</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Data for refinement FP SIGFP PHIM FOMM HLAM HLBM HLCM HLDM FreeR_flag ---</div><div>hklout_ref: AutoBuild_run_1_/exptl_fobs_phases_freeR_flags.mtz</div><div><br></div><div>--- &nbsp;Density-modified map coefficients FP PHIM FOM ---</div><div>hklout_denmod: AutoBuild_run_1_/cycle_best_5.mtz</div><div><br></div><div><br></div><div>I hope that helps!</div><div>-Tom T</div><div><br></div></div><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br><div><div>On Nov 20, 2008, at 8:01 AM, Mo Wong wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi all,<br><br>I'm sure this is in one of the log files (and written somewhere in the documentation), but I can't find which solve_*.mtz and which subsequent resolve_*.mtz were used to make overall_best_denmod_map_coeffs.mtz.<br> <br>Could someone please tell me where I may find it.<br><br>Thank you<br> _______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></div></body></html>