<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Maia,<div><br></div><div>If you're running AutoMR from the command-line wizard, you can specify fixed components with the various fixed_* variables. &nbsp;You can find an example for fixing beta-lactamase and searching for BLIP in the documentation (<a href="http://www.phenix-online.org/documentation/automr.htm">http://www.phenix-online.org/documentation/automr.htm</a>). &nbsp;It's possible to specify that you have six fixed components (for the six copies of the monomers making up the core hexamer), but it might be easier to specify a "core" ensemble containing the partial solution for the core hexamer, and then specify it as a fixed ensemble with orientation angles and translation vector both of &nbsp;0,0,0.</div><div><br></div><div>You can also do this in the AutoMR wizard run as a GUI, by choosing the various fixed_* variables in the "Choose variable to set" pulldown.</div><div><br></div><div>The third option (though this may not be the right forum to mention it!) is to run Phaser from the ccp4i interface. &nbsp;AutoMR is much easier for more straightforward problems, but the ccp4i interface is still more flexible for getting at advanced features of Phaser in difficult cases. &nbsp;We're working to improve the Phenix interface for the next release of Phenix. &nbsp;Anyway, in the ccp4i interface, you just provide a .sol file containing the 6 SOLU 6DIM... lines defining the core hexamer as a fixed partial solution, then tell Phaser to look for copies of the other monomer.</div><div><br></div><div>In a difficult case like this, it's possible that one or two of the copies of the second component will give a clear solution, which would show the relationship between the monomers in the core and monomers of the second molecule. &nbsp;Then you could try solving the structure by making an alpha+beta object (where alpha is a monomer in the core, and beta is the second type of monomer) and looking for six copies of that, or superimpose copies of the alpha+beta object on copies of alpha still lacking a companion.</div><div><br></div><div>Good luck!</div><div><br></div><div>Randy</div><div><br></div><div><div><div>On 24 Nov 2008, at 00:33, chern wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div bgcolor="#ffffff"><div><font face="Arial" size="2">I am doing a molecular replacement.</font></div><div><font face="Arial" size="2">There are two types of protein molecules in the crystal. One type&nbsp;is forming a hexameric core; there are 6 molecules of the second type that I need to locate.</font></div><div><font face="Arial" size="2">I found a solution for the hexameric core, but the other 6 molecules are difficult to find.</font></div><div><font face="Arial" size="2">1. Can I&nbsp;fix the solution for the core, so that I don't have to&nbsp;find&nbsp;it every time.&nbsp;The other inconvenience with that is that the origine is different for every new run. If I fix the hexamer, then I fix the origine. It's important to me to compare different runs of MR.</font></div><div><font face="Arial" size="2"></font>&nbsp;</div><div><font face="Arial" size="2">2.&nbsp;Some of the&nbsp;six other molecules that MR finds are not the closest to the core. How can I request to output the closest molecules?</font></div><div><font face="Arial" size="2"></font>&nbsp;</div><div><font face="Arial" size="2">Maia</font></div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></div></span></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div>------</div><div>Randy J. Read</div><div>Department of Haematology, University of Cambridge</div><div>Cambridge Institute for Medical Research &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tel: + 44 1223 336500</div><div>Wellcome Trust/MRC Building &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fax: + 44 1223 336827</div><div>Hills Road &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;E-mail: <a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk">rjr27@cam.ac.uk</a></div><div>Cambridge CB2 0XY, U.K. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www-structmed.cimr.cam.ac.uk</div></span></div></span> </div><br></div></body></html>