Ok, just to wrap this up.<br><br>I added zero occupancy dummy atoms to the structure and the R-free improved by about 0.5 and more importantly the Fo-Fc looked better in other areas of the map. So I am including the dummy atoms for refinement and then of course removing them before the final refinement.<br>
I don&#39;t know what Frank Von Delft chose to do.<br><br>I addition it seems that Brian W. Matthews and Lijun Liu have review coming out in Protein Science about this subject: &quot;A review about nothing: Are apolar cavities in proteins really empty?&quot; I haven&#39;t read it yet but it seems that the answer is that no-one knows.<br>
<br>Cheers,<br>Morten<br><br><div class="gmail_quote">2009/1/6 Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Morten,<br>
<div class="Ih2E3d"><br>
&gt; I get the &quot;add dummy atoms and calculate map&quot; to check whether it is<br>
&gt; Fourier truncation ripples (which I don&#39;t think it will turn out to be).<br>
&gt; But I wouldn&#39;t feel comfortable depositing a structure with dummy<br>
&gt; atoms even if they do have zero occupancy. Are you really suggesting<br>
&gt; that people do that?<br>
<br>
</div><div class="Ih2E3d">Of course not. The above suggestion was to test the idea about where the<br>
negative peaks are coming from (just to mask the region in order to<br>
avoid placing a flat bulk solvent density there and see if the peaks are<br>
still there).<br>
<br>
Just for your information: there is a number of files in PDB that<br>
contain &quot;dummy atoms&quot; which is obviously bad (since scattering type is<br>
undefined which makes it impossible to compute the R-factors for such<br>
models). Here are a few examples: 2aed, 2ajp, 2amx, 2ar0, 1au9, 2awp,<br>
2ayv, 2b25, ... I can go on, I have a complete list...<br>
<br>
</div><div class="Ih2E3d">&gt; Secondly, when I look in the .def for my refinements I find two<br>
&gt; entries for mask calculation:<br>
&gt; Under the fake_f_obs heading<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; mask {<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; solvent_radius = 1.11<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; shrink_truncation_radius = 0.9<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; grid_step_factor = 4<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; verbose = 1<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; mean_shift_for_mask_update = 0.1<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ignore_zero_occupancy_atoms = True<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ignore_hydrogens = True<br>
&gt; &nbsp; }<br>
&gt; And again under it&#39;s own heading towards the end<br>
&gt; &nbsp; mask {<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; solvent_radius = 1.11<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; shrink_truncation_radius = 0.9<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; grid_step_factor = 4<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; verbose = 1<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; mean_shift_for_mask_update = 0.1<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; ignore_zero_occupancy_atoms = True<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; ignore_hydrogens = True<br>
&gt; &nbsp; }<br>
&gt;<br>
&gt; Which one is relevant?<br>
<br>
</div><div class="Ih2E3d">Both are relevant, but used for different purposes.<br>
The first one is used for experimenting/development/testing ideas, when<br>
real Fobs are replaced with calculated ones (as the scope name suggests:<br>
fake_f_obs):<br>
fake_Fobs = Fmodel = scale_k1 * exp(-h*U_overall*ht) * (Fcalc + k_sol *<br>
exp(-B_sol*s^2) * Fmask)<br>
<br>
The second scope defines the mask parameters for everything else and<br>
this is the one that you most likely want to play with.<br>
<br>
</div><div class="Ih2E3d">&gt; Also why didn&#39;t any of you suggest the optimize_mask=true parameter?<br>
&gt; Shouldn&#39;t that automatically find the best solvent_radius and<br>
&gt; shrink_truncation_radius values?<br>
<br>
</div><div class="Ih2E3d">It&#39;s a good idea to try out, but that mask optimization does a grid<br>
search over a range of solvent_radius and shrink_truncation_radius and<br>
the &quot;best&quot; values are chosen based on the lowest R (or Rfree, I don&#39;t<br>
remember exactly). I wouldn&#39;t believe that fixing a few negative peaks<br>
somewhere will show up in R-factor (R-factor is a global measure and<br>
very insensitive to minor local changes).<br>
<br>
Cheers,<br>
Pavel.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
</div><div><div></div><div class="Wj3C7c">phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Morten K Gr�ftehauge<br>PhD student<br>Department of Molecular Biology<br>Gustav Wieds Vej 10 C<br>8000 Aarhus C - Denmark<br>Phone: +45 89 42 52 61<br>Fax: +45 86 12 31 78<br>
<a href="http://www.bioxray.dk">www.bioxray.dk</a><br><br><br>