<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Anna,<br>
<br>
it's a bug, I'm afraid. I remember fixing something related to this a
couple of months ago. Could you please try the latest available version
of PHENIX:<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/download/">http://www.phenix-online.org/download/</a><br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 1/23/2009 4:25 PM, Anna Gardberg wrote:
<blockquote
 cite="mid:5169811e0901231625n29b8580cuf609e16075a2aec0@mail.gmail.com"
 type="cite">Dear phenix list,<br>
  <br>
My 0.75 A refinement has some problems in its higher resolution bins,
so I thought I might try adding in IAS scatterers. However, the
phenix.refine (version 2008_09_13_0905) crashed when I set "ias =
True". I hope someone here can help me figure out the problem. I
include snippets of output below, as the entire error message was very
lengthy. Am I misusing the command, is there a problem with my system
setup, or what?<br>
  <br>
Regards,<br>
Anna Gardberg<br>
  <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------Building IAS
model----------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
  <br>
&gt;&gt;&gt; Adding IAS..........<br>
Total number of covalent bonds =&nbsp; 895<br>
show_stack(1):
/home/a1g/downloads/cci_apps_sources/mmtbx/ias/__init__.py(438) _<br>
_init__<br>
show_stack(2):
/home/a1g/downloads/cci_apps_sources/mmtbx/ias/__init__.py(371) s<br>
et_peaks<br>
show_stack(3):
/home/a1g/downloads/cci_apps_sources/mmtbx/ias/__init__.py(616) _<br>
_init__<br>
show_stack(4): /home/a1g/downloads/cci_apps_sources/mmtbx/model.py(494)
add_ias<br>
show_stack(5):
/home/a1g/downloads/cci_apps_sources/phenix/phenix/refinement/str<br>
ategies.py(409) refinement_machine<br>
show_stack(6):
/home/a1g/downloads/cci_apps_sources/phenix/phenix/refinement/dri<br>
ver.py(1082) run<br>
  <br>
&lt;snip pages of output&gt;<br>
  <br>
&nbsp;
/home/a1g/downloads/cci_apps_build/lib/cctbx_maptbx_ext.so(boost::python::obje<br>
cts::make_holder&lt;4&gt;::apply&lt;boost::python::objects::value_holder&lt;cctbx::maptbx::o<br>
ne_gaussian_peak_approximation&gt;,
boost::mpl::vector4&lt;scitbx::af::const_ref&lt;doubl<br>
e, scitbx::af::trivial_accessor&gt; const&amp;,
scitbx::af::const_ref&lt;double, scitbx::a<br>
f::trivial_accessor&gt; const&amp;, bool const&amp;, bool
const&amp;&gt; &gt;::execute(_object*, scit<br>
bx::af::const_ref&lt;double, scitbx::af::trivial_accessor&gt;
const&amp;, scitbx::af::cons<br>
t_ref&lt;double, scitbx::af::trivial_accessor&gt; const&amp;, bool
const&amp;, bool const&amp;)+0x<br>
75c) [0x2a9d79598c]<br>
&nbsp;
/home/a1g/downloads/cci_apps_build/lib/cctbx_maptbx_ext.so(cctbx::maptbx::find<br>
_gaussian_parameters::find_gaussian_parameters(scitbx::af::const_ref&lt;double,
sci<br>
tbx::af::trivial_accessor&gt; const&amp;,
scitbx::af::const_ref&lt;double, scitbx::af::tri<br>
vial_accessor&gt; const&amp;, double const&amp;, double const&amp;,
double)+0x3fe) [0x2a9d7827f<br>
e]<br>
&nbsp; /lib64/tls/libm.so.6 [0x32ee506263]<br>
&nbsp; /lib64/tls/libc.so.6 [0x32ee22e300]<br>
Floating-point error (Python and libc call stacks above)<br>
[1]+&nbsp; Done&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gedit newscale-ias.eff<br>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>