<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
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<META content="MSHTML 6.00.6000.16809" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi everybody,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I used phenix for calculating anomalous Fourier 
coefficients (script below) and I get the desired file containing columns FANOM 
PHANOM. When I read this into Coot for displaying the imaginary map, I only get 
noise, regardless of resolution cutoff etc. When I export the Fcalcs as CNS 
format and use CNS for the map calculation, I get very high peaks (i.e. 
excellent signal-to-noise ratio) on the anomalous scatterers. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Inspection of the phenix fcalc file reveals that 
<FONT face="Times New Roman" size=3>FOFCWT_no_fill equals FANOM and 
PHFOFCWT_no_fill is identical to PHANOM . Obviously I am doing something 
stupidly wrong.<BR></FONT>Setting 
xray_data.force_anomalous_flag_to_be_equal_to=true doesn't change anything, by 
the way, and i am using the latest Phenix version. I vaguely remember that there 
were an issue with anomlous data but can't find the thread.<BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you very much in advance for enlightening 
me,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Ulrich</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>#<BR>source /usr/local/phenix-1.4-3/phenix_env<BR>phenix.refine 
m226h1_rfree-unique.mtz m226h1_hkl2000_6_waters_001.pdb&nbsp; 
<BR>main.number_of_macro_cycles=1 
\<BR>refinement.input.xray_data.labels="F(+),SIGF(+),F(-),SIGF(-)" 
\<BR>xray_data.high_resolution =3.5<BR>strategy=none export_final_f_model=cns 
output.prefix=sfcalc --overwrite<BR>* Space group = 'P3121' 
(number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152)<BR><BR><FONT face=Arial size=2>The 
mapcoeff.mtz looks like </FONT><BR><BR>&nbsp; OVERALL FILE STATISTICS for 
resolution range&nbsp;&nbsp; 0.000 -&nbsp;&nbsp; 0.319<BR>&nbsp; 
=======================<BR><BR><BR>&nbsp; Col Sort&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Min&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; Num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
%&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; 
Resolution&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; Type Column<BR>&nbsp; num 
order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Missing complete&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
abs.&nbsp;&nbsp; Low&nbsp;&nbsp;&nbsp; High&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; label<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 
ASC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
23.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.7&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp; 1.77&nbsp;&nbsp; 
H&nbsp; H<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 
100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.4&nbsp; 
88.43&nbsp;&nbsp; 1.77&nbsp;&nbsp; H&nbsp; K<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 
NONE&nbsp;&nbsp; -69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.2&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp; 1.77&nbsp;&nbsp; 
H&nbsp; L<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 
2220.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp; 235.55&nbsp;&nbsp; 
235.55&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; 
2FOFCWT<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 
180.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2.65&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.99&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
P&nbsp; PH2FOFCWT<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 
956.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
72.48&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.48&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
F&nbsp; FOFCWT<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 
180.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.97&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
P&nbsp; PHFOFCWT<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 
2202.8&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp; 234.51&nbsp;&nbsp; 
234.51&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; 
2FOFCWT_no_fill<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 
180.0&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2.78&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.99&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
P&nbsp; PH2FOFCWT_no_fill<BR>&nbsp;&nbsp; 10 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.0&nbsp;&nbsp; 961.2&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
72.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
F&nbsp; FOFCWT_no_fill<BR>&nbsp;&nbsp; 11 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 
180.0&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.95&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
P&nbsp; PHFOFCWT_no_fill<BR>&nbsp;&nbsp; 12 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.0&nbsp;&nbsp; 961.2&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
72.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; 
F&nbsp; ANOM<BR>&nbsp;&nbsp; 13 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp; 
117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.95&nbsp; 
37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHANOM<BR><BR><BR>&nbsp; 
No. of reflections used in FILE STATISTICS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
72570<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.81&nbsp;&nbsp; 
-133.90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 400.50&nbsp;&nbsp; -133.90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
139.90&nbsp;&nbsp; 
-134.31<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
502.82&nbsp;&nbsp; -134.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502.82&nbsp;&nbsp; 
-134.31<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 719.55&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
109.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 336.98&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
703.51&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
104.61<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
304.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.61&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
104.61<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 987.30&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
124.20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 664.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 124.20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
985.68&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
119.49<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
659.96&nbsp;&nbsp;&nbsp; 119.49&nbsp;&nbsp;&nbsp; 659.96&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
119.49<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 871.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
35.76&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.76&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
894.80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
36.84<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
198.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
198.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.84<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 425.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
38.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 189.77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
419.88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
34.24<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
177.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.24&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
177.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.24<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 406.00&nbsp;&nbsp; 
-154.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53.51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
25.03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 416.82&nbsp;&nbsp; 
-153.85<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
32.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
32.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.15<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
139.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 441.04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
92.83&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
139.16<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
479.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 479.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
139.16<BR></DIV></BODY></HTML>