<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Ulrich,<br>

<br>

there was a bug in phenix.refine that was&nbsp; causing this behavior.&nbsp; The

bug is fixed now. Please use the most recent&nbsp; development version of

PHENIX (made after April 3):<br>

<br>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.phenix-online.org/download/phenix/nightly/">https://www.phenix-online.org/download/phenix/nightly/</a><br>

<br>

Pavel.<br>

<br>

<br>

On 3/31/09 9:18 AM, Ulrich Baumann wrote:

<blockquote cite="mid:D275D38415DE4FCDB741397249C7864B@unibe.ch"

 type="cite">

  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ">

  <meta content="MSHTML 6.00.6000.16809" name="GENERATOR">

  <style></style>

  <div>&nbsp;</div>

  <div><font face="Arial" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi everybody,</font></div>

  <div>&nbsp;</div>

  <div><font face="Arial" size="2">I used phenix for calculating

anomalous Fourier coefficients (script below) and I get the desired

file containing columns FANOM PHANOM. When I read this into Coot for

displaying the imaginary map, I only get noise, regardless of

resolution cutoff etc. When I export the Fcalcs as CNS format and use

CNS for the map calculation, I get very high peaks (i.e. excellent

signal-to-noise ratio) on the anomalous scatterers. </font></div>

  <div><font face="Arial" size="2">Inspection of the phenix fcalc file

reveals that <font face="Times New Roman" size="3">FOFCWT_no_fill

equals FANOM and PHFOFCWT_no_fill is identical to PHANOM . Obviously I

am doing something stupidly wrong.<br>

  </font>Setting xray_data.force_anomalous_flag_to_be_equal_to=true

doesn't change anything, by the way, and i am using the latest Phenix

version. I vaguely remember that there were an issue with anomlous data

but can't find the thread.<br>

  </font></div>

  <div><font face="Arial" size="2">Thank you very much in advance for

enlightening me,</font></div>

  <div>&nbsp;</div>

  <div><font face="Arial" size="2">Ulrich</font></div>

  <div>&nbsp;</div>

  <div>#<br>

source /usr/local/phenix-1.4-3/phenix_env<br>

phenix.refine m226h1_rfree-unique.mtz m226h1_hkl2000_6_waters_001.pdb&nbsp; <br>

main.number_of_macro_cycles=1 \<br>

refinement.input.xray_data.labels="F(+),SIGF(+),F(-),SIGF(-)" \<br>

xray_data.high_resolution =3.5<br>

strategy=none export_final_f_model=cns output.prefix=sfcalc --overwrite<br>

* Space group = 'P3121' (number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152)<br>

  <br>

  <font face="Arial" size="2">The mapcoeff.mtz looks like </font><br>

  <br>

&nbsp; OVERALL FILE STATISTICS for resolution range&nbsp;&nbsp; 0.000 -&nbsp;&nbsp; 0.319<br>

&nbsp; =======================<br>

  <br>

  <br>

&nbsp; Col Sort&nbsp;&nbsp;&nbsp; Min&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; Num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; Resolution&nbsp;&nbsp;

  <br>

&nbsp; Type Column<br>

&nbsp; num order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Missing complete&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; abs.&nbsp;&nbsp; Low&nbsp;&nbsp;&nbsp; High&nbsp;

  <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; label<br>

  <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 ASC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.7&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;

1.77&nbsp;&nbsp; H&nbsp; H<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.4&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;

1.77&nbsp;&nbsp; H&nbsp; K<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 NONE&nbsp;&nbsp; -69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.2&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;

1.77&nbsp;&nbsp; H&nbsp; L<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 2220.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp; 235.55&nbsp;&nbsp; 235.55&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; 2FOFCWT<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.65&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.99&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PH2FOFCWT<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 956.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.48&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.48&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; FOFCWT<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 100.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.97&nbsp; 88.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHFOFCWT<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 2202.8&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp; 234.51&nbsp;&nbsp; 234.51&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; 2FOFCWT_no_fill<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.78&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.99&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PH2FOFCWT_no_fill<br>

&nbsp;&nbsp; 10 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 961.2&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; FOFCWT_no_fill<br>

&nbsp;&nbsp; 11 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.95&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHFOFCWT_no_fill<br>

&nbsp;&nbsp; 12 NONE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 961.2&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72.39&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; F&nbsp; ANOM<br>

&nbsp;&nbsp; 13 NONE -180.0&nbsp;&nbsp; 180.0&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp; 99.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.95&nbsp; 37.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

1.77&nbsp;&nbsp; P&nbsp; PHANOM<br>

  <br>

  <br>

&nbsp; No. of reflections used in FILE STATISTICS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72570<br>

  <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.81&nbsp;&nbsp; -133.90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 400.50&nbsp;&nbsp; -133.90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.90&nbsp;&nbsp;

-134.31<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502.82&nbsp;&nbsp; -134.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502.82&nbsp;&nbsp; -134.31<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 719.55&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 336.98&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 703.51&nbsp;&nbsp;&nbsp;

104.61<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.61&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.61<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 987.30&nbsp;&nbsp;&nbsp; 124.20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 664.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 124.20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 985.68&nbsp;&nbsp;&nbsp;

119.49<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 659.96&nbsp;&nbsp;&nbsp; 119.49&nbsp;&nbsp;&nbsp; 659.96&nbsp;&nbsp;&nbsp; 119.49<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 871.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.76&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.76&nbsp;&nbsp;&nbsp; 894.80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

36.84<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 198.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 198.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.84<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 425.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 189.77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 419.88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

34.24<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 177.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.24&nbsp;&nbsp;&nbsp; 177.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.24<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 406.00&nbsp;&nbsp; -154.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53.51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 416.82&nbsp;&nbsp;

-153.85<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.15<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.73&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.84&nbsp;&nbsp;&nbsp; 441.04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92.83&nbsp;&nbsp;&nbsp;

139.16<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 479.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 479.45&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.16<br>

  </div>

  <pre wrap="">

<hr size="4" width="90%">

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