phenix-installer-1.4-55-intel-linux-2.6-x86_64.tar<br><br>I downloaded the newest nightly build per Nathaniel Echols&#39; instructions. I was trying to fix the following error: <br><br><div style="margin-left: 40px;">A Python error was detected.  This is almost certainly a bug; please send an email containing this message to <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a> so we can fix it.  Thanks!<br>

<br> IndexError : string index out of range<br>Traceback:<br>Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/<br><br>phenix/wxGUI2/Refine.py&quot;, line 259, in OnExcept<br>     raise event.data<br>

IndexError: string index out of range<br><br></div>phenix.refine_gui and phenix.refine were working perfectly well and then all of the sudden between 2 saves, something went wrong.  My first PDB (refine_001-coot-2.pdb) is normal, but then refine_001-coot-3.pdb and onward are missing ALL of the REMARK cards.  It starts with the CRYST card followed by the coordinates.<br>

<br>Could this be a coot problem?  Can I cut and paste the REMARKs from refine_001-coot-2.pdb into the top of refine_001-coot-5.pdb?<br><br>Thanks!<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 4, 2009 at 12:06 PM, Ralf W. Grosse-Kunstleve <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rwgk@cci.lbl.gov" target="_blank">rwgk@cci.lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>



<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Possible quick fix: yum install lapack<br>
<br>
However, we don&#39;t really want to depend on a system lapack. I&#39;d like<br>
to track down why we have that dependency. Could you send me the<br>
file name of the tar file you downloaded?<br>
<br>
Ralf<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br>