Hi,<br><br>If I understand correctly, the Phenix manual suggests two options for selecting the R-free set for twin refinement. One is to do this using the phenix.reflection_file_converter with the parameter <br><pre class="literal-block">--use-lattice-symmetry-in-r-free-flag-generation</pre>which I suppose does not require input of the twin law. The second is in the actual refinement using the parameter <br><br><pre>xray_data.r_free_flags.generate=True<br><br>in which case the twin law is part of the input. My first question is whether the two options <br>are truly equivalent. The second question is whether one can go into either of them with an mtz file <br>in which R-free set reflections have already been selected (e.g. in scala or XDS) without<br>any twinning assumption, or should one use a file without any R-free set altogether and let the<br>phenix script choose it from scratch, under the twinning assumption.<br><br>Another (related) question is whether simulated annealing is possible in conjunction with <br>twin refinement.<br><br>    Thanks,<br><br>               Boaz<br></pre><br><br>----- Original Message -----<br>From: Pavel Afonine &lt;PAfonine@lbl.gov&gt;<br>Date: Tuesday, May 5, 2009 4:53<br>Subject: Re: [phenixbb] ncs<br>To: PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br><br>&gt; I see. I suggest to run two refinements:<br>&gt; <br>&gt; - with NCS and "optimize_wxc=true optimize_wxu=true" options, and<br>&gt; <br>&gt; - without NCS and with "optimize_wxc=true optimize_wxu=true".<br>&gt; <br>&gt; This will make it weight-choice independent and so easier to <br>&gt; understand. <br>&gt; Otherwise, since NCS term is included in weights calculation, <br>&gt; using or <br>&gt; not using NCS may change the X-ray/Restrains weight which may <br>&gt; have <br>&gt; larger effects than using/not using NCS itself.<br>&gt; <br>&gt; Pavel.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; On 5/4/09 6:48 PM, Maia Cherney wrote:<br>&gt; &gt; Hi Pavel,<br>&gt; &gt; The resolution is 2.15 A. The NCS was always on during the <br>&gt; refinement <br>&gt; &gt; until we got low R factors (19.2% and 21.2%). Then the NCS was <br>&gt; turned <br>&gt; &gt; off for the final refinement and the R factors increased, <br>&gt; which is <br>&gt; &gt; strange as they should be going down when you apply less <br>&gt; restraints. <br>&gt; &gt; There are five restraint groups in the asym. unit.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Maia<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Pavel Afonine wrote:<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt; Hi Maia,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; - I'm wondering why this puzzles you?<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; - The gap Rfree-Rwork seems suspiciously small, although I <br>&gt; can't tell <br>&gt; &gt;&gt; without knowing the resolution.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; - Overall, better R-factors (Rwork, Rfree and Rfree-Rwork) <br>&gt; mean that <br>&gt; &gt;&gt; among many possible refinement strategies you have chosen the <br>&gt; one that <br>&gt; &gt;&gt; is better than the others.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; What is the resolution?<br>&gt; &gt;&gt; What are the R-factor&nbsp; before using NCS?<br>&gt; &gt;&gt; What will be the R-factors after you turn NCS back off?<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Pavel.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; On 5/4/09 12:27 PM, Maia Cherney wrote:<br>&gt; &gt;&gt;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt;&gt; Hi everybody,<br>&gt; &gt;&gt;&gt; I am wondering why my final structure refined with NCS=True <br>&gt; has lower&nbsp; R <br>&gt; &gt;&gt;&gt; factors (19.2% and 21.2%) than without NCS by approximately 1.5%.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Leo<br>&gt; &gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; &gt;&gt;&gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; &gt;&gt;&gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; &gt;&gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; &gt;&gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; phenixbb mailing list<br>&gt; &gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; &gt; http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; <BR><BR>Boaz Shaanan, Ph.D.<br>Dept. of Life Sciences<br>Ben-Gurion University of the Negev<br>Beer-Sheva 84105<br>Israel<br>Phone: 972-8-647-2220 ; Fax: 646-1710<br>Skype: boaz.shaanan</BR></BR>‎