<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Moritz,<div><br></div><div>I'm sorry for the trouble! &nbsp;Yes, certainly if you have only 2 mutations the sequence should get aligned. &nbsp;Somehow it seems that your input sequence is not getting read properly, as you are guessing.</div><div><br></div><div>Your formats sound ok. &nbsp;The format for a sequence file is:</div><div><br></div><div>>>> optional text about this chain&nbsp;</div><div>ONELETTERCODEFORSEQUENCE</div><div>>>>optionally start another chain</div><div>NEWCHAIN</div><div><br></div><div>ANOTHERNEWCHAINSIGNALLEDBYEMPTYLINEABOVE</div><div><br></div><div>where all spaces or characters that are not amino acids are ignored, and capitalization is ignored. &nbsp;You can indicate a new chain with an empty line or with one or more ">".</div><div><br></div><div>If this doesn't help and you'd like to send me (<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov">terwilliger@lanl.gov</a>) your sequence file and the PDB file and the exact command you used I can run it here and see what is going on.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div><div><br><div><div>On May 27, 2009, at 5:39 AM, &lt;<a href="mailto:Moritz.Metlitzky@sbg.ac.at">Moritz.Metlitzky@sbg.ac.at</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> <div> <!-- Converted from text/plain format --> <br><p><font size="2">Hi all, i'm currently trying to solve my structure with phenix and i tried to do it via AutoMR. At first everything works fine, it finds a MR solution, but then i get this error:<br> <br> Chain too short or poor match to sequence:&nbsp; MYIQVLGSAAGGGFPQWNCNCVNCKGYRDGTLKATARTQSSIALSDDGVHWILCNASPDIRAQLQAFAPMQPARALRDTGINAIVLLDSQIDHTTGLLSLREGCPHQVWCTDMVHQDLTTGFPLFNMLSHWNGGLQWNRIELEGSFVIDACPNLKFTPFPLRSAAPPYSPHRFDPHPGDNLGLMVEDTRTGGKLFYAPGLGQVDEKLLAMMHGADCLLVDGTLWEDDEMQRRGVGTRTGREMGHLAQNGPGGTLEVLDGFPRQRKVLIHINNTNPILDENSPERAEVLRRGVEVAFDGMSIELL<br> <br> NOTE: chain A (residues 1-304) MYIQVLGSAAGGGFPQWNCNCVNCKGYRDGTLKATARTQSSIALSDDGVHWILCNASPDIRAQLQAFAPMQPARALRDTGINAIVLLDSQIDHTTGLLSLREGCPHQVWCTDMVHQDLTTGFPLFNMLSHWNGGLQWNRIELEGSFVIDACPNLKFTPFPLRSAAPPYSPHRFDPHPGDNLGLMVEDTRTGGKLFYAPGLGQVDEKLLAMMHGADCLLVDGTLWEDDEMQRRGVGTRTGREMGHLAQNGPGGTLEVLDGFPRQRKVLIHINNTNPILDENSPERAEVLRRGVEVAFDGMSIELL<br> did not match the input sequence...<br> ignoring alignment and rebuilding segment without sequence information.<br> ***************************************<br> AutoBuild Input failed<br> <br> Sorry, the PDB file and sequence file could not be aligned<br> (with no gaps and >50.0% identity)<br> <br> &nbsp;Please restart the wizard...<br> &nbsp; You have several possibilities to try ....<br> &nbsp;You can set rebuild_in_place=No<br> &nbsp;You can set input_sequence_file=None<br> &nbsp;You can set&nbsp; min_seq_identity_percent to a lower value<br> &nbsp;You can set highest_resno to a higher value<br> &nbsp;You can specify start_chains_list if your&nbsp;<br> &nbsp;&nbsp; PDB file sequence starts with a residue number greater than the<br> &nbsp;&nbsp; number of residues in the sequence.<br> <br> <br> what can i do now? the pdb file has nearly the same sequence (2 mutations) but he says that he can't align them, i use a .dat file for this is this correct? i also have a fasta line in it >... but it doesn't work without this line either.<br> i tried with different phenix versions and have always the same problem<br> Any suggestions would be appreciated.<br> <br> </font> </p> </div> _______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></body></html>