I think I just understood your explanation for the shift after rigid body. <br>The rigid body phenix.refine picked an origin very close by in my P1 Cell , since the choice is arbitrary anyways . And so the output was off .<br>
And I can see how an option to maintain centre of mass will solve that problem <br>Thanks again<br><br>Hari<br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jun 6, 2009 at 10:51 AM, hari jayaram <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:harijay@gmail.com">harijay@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>Hello Tom ,<br>Thanks for your speedy reply<br><br>My space group is P1 , and the shift is by around an 1.2 A away and very much in the vicinity of the input model and experimental map<br>
I suspected the rigid body step ( rigid_body+individual_sites+individual_adp+tls) might be causing this and so I am trying a refinement without the rigid body.<br>
Also I am quite close to convergence and that step should not be necessary as a first step.<br><br>But I am still confused as to why it shifts the molecule very close by , but slightly off , like a off kilter MR solution.<br>
<font color="#888888">
<br><br>Hari</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jun 6, 2009 at 10:40 AM, Thomas C. Terwilliger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Hari,<br>
What is your space group? �I am guessing that the shift is along an axis<br>
where the origin is not fixed, for example the b axis in P21. This could<br>
happen with rigid-body refinement where a molecule can move as a whole so<br>
that the center of mass could move along that axis. �Perhaps someone else<br>
can comment as to whether there is or could be an optional term in<br>
phenix.refine to maintain the center of mass at the same coordinate in<br>
such cases.<br>
All the best,<br>
Tom T<br>
<div><div></div><div><br>
&gt;&gt; Hi i am using phenix version 1.4 release tag 70<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; hari@charlie:~$ phenix.refine --version<br>
&gt;&gt; -------------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; � PHENIX: Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated<br>
&gt;&gt; Xtallography<br>
&gt;&gt; � Version: 1.4<br>
&gt;&gt; � Release tag: 70<br>
&gt;&gt; � Platform: intel-linux-2.6-x86_64 linux<br>
&gt;&gt; � User: hari<br>
&gt;&gt; -------------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am seeing a strange shifting of my coordinates &quot;out of my experimental<br>
&gt;&gt; phases map&quot; before and after refinement without simulated annelaing<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am at the final stages of my refinement. When I refine without simulated<br>
&gt;&gt; annealing the resulting model is shifted relative to my experimental<br>
&gt;&gt; phases<br>
&gt;&gt; map into which I build my model<br>
&gt;&gt; The phenix command line strategy i am using are<br>
&gt;&gt; rigid_body+individual_sites+individual_adp+tls .or the same strategy with<br>
&gt;&gt; simulated_annealing=true<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The output map coefficients fortunately match my model in both cases . But<br>
&gt;&gt; I<br>
&gt;&gt; am wondering why there is a difference.<br>
&gt;&gt; I am using the mlhl target for refinement to 3.1 A , My R and rfree is<br>
&gt;&gt; 28/31<br>
&gt;&gt; .<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Any ideas why my model shifts without simulated annealing . All pdbs have<br>
&gt;&gt; the same CRYST �record .<br>
&gt;&gt; I am using coot �version 0.61 for my building and map display using fft<br>
&gt;&gt; inside of coot .<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; hari<br>
</div></div>&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>