<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Oliv,<br>
<br>
phenix.pdbtools my.pdb&nbsp; --geometry-regularization<br>
<br>
applies to the whole structure. It's an overlook on my end - till today
I believed it uses atom selections. I will fix it.<br>
<br>
For the moment you can you phenix.refine for this:<br>
<br>
phenix.refine model.pdb data.mtz strategy=individual_sites
main.bulk_solvent=false wxc_scale=0 refine.sites.individual="chain A
and resseq 123" <br>
<br>
By using wxc_scale=0 you ask phenix.refine to ignore experimental data
(although you still have to give a data file, but in this case you can
use a fake one).<br>
<br>
Pavel.<br>
&nbsp;<br>
<br>
On 6/22/09 7:08 PM, Oliv Eidam wrote:
<blockquote
 cite="mid:d502bd390906221908t3d0a1a06y9312022d10cccc5c@mail.gmail.com"
 type="cite">Hi,<br>
  <br>
I was wondering if the geometry regularization in phenix.pdbtools can
be applied to selected residues only.<br>
Something like: <br>
&gt; phenix.pdbtools my.pdb&nbsp; selection="resname xyz"
--geometry-regularization<br>
  <br>
Many thanks in advance,<br>
  <br>
&nbsp; Oliv<br>
  <br clear="all">
  <br>
-- <br>
Oliv Eidam, Ph.D.<br>
Postdoctoral fellow<br>
  <br>
University of California, San Francisco<br>
Dept. of Pharmaceutical Chemistry<br>
1700 4th Street, Byers Hall North, Room 501<br>
San Francisco, CA 94158 - Box 2550 <br>
  <br>
Phone: 415-514-4253<br>
Fax &nbsp;: 415-514-4260<br>
Email: <a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:eidamo@blur.compbio.ucsf.edu">eidamo@blur.compbio.ucsf.edu</a><br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>