Hi Pavel,<br><br>Thanks a lot for pointing at the excellent workaround using phenix.refine. It worked very well and only selected atoms were regularized. <br><br>Best, Oliv<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 24, 2009 at 8:24 AM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:PAfonine@lbl.gov">PAfonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


  

<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Oliv,<br>
<br>
phenix.pdbtools my.pdb� --geometry-regularization<br>
<br>
applies to the whole structure. It&#39;s an overlook on my end - till today
I believed it uses atom selections. I will fix it.<br>
<br>
For the moment you can you phenix.refine for this:<br>
<br>
phenix.refine model.pdb data.mtz strategy=individual_sites
main.bulk_solvent=false wxc_scale=0 refine.sites.individual=&quot;chain A
and resseq 123&quot; <br>
<br>
By using wxc_scale=0 you ask phenix.refine to ignore experimental data
(although you still have to give a data file, but in this case you can
use a fake one).<br>
<br>
Pavel.<div><div></div><div class="h5"><br>
�<br>
<br>
On 6/22/09 7:08 PM, Oliv Eidam wrote:
</div></div><blockquote type="cite"><div><div></div><div class="h5">Hi,<br>
  <br>
I was wondering if the geometry regularization in phenix.pdbtools can
be applied to selected residues only.<br>
Something like: <br>
&gt; phenix.pdbtools my.pdb� selection=&quot;resname xyz&quot;
--geometry-regularization<br>
  <br>
Many thanks in advance,<br>
  <br>
� Oliv<br>
  <br clear="all">
  <br>
-- <br>
Oliv Eidam, Ph.D.<br>
Postdoctoral fellow<br>
  <br>
University of California, San Francisco<br>
Dept. of Pharmaceutical Chemistry<br>
1700 4th Street, Byers Hall North, Room 501<br>
San Francisco, CA 94158 - Box 2550 <br>
  <br>
Phone: 415-514-4253<br>
Fax �: 415-514-4260<br>
Email: <a href="mailto:eidamo@blur.compbio.ucsf.edu" target="_blank">eidamo@blur.compbio.ucsf.edu</a><br>
  </div></div><pre><hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>