<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi James,<div><br></div><div>As you are expecting, in AutoSol the file&nbsp;exptl_fobs_phases_freeR_flags_*.mtz normally contains the experimental Fobs and free R flags for refinement, along with phases and HL coefficients from the experimental phasing.&nbsp;</div><div><br></div><div>However if an anisotropy correction is applied to the data, then by default no refinement is done in AutoSol and no&nbsp;exptl_fobs_phases_freeR_flags_*.mtz file is created. &nbsp;This is to ensure that refinement is not carried out against anisotropy-corrected data (you want to refine against the original data, and have phenix.refine apply an anisotropy correction as part of refinement).</div><div><br></div><div>If you supply&nbsp;</div><div><br></div><div>input_refinement_file=my_data.sca&nbsp;</div><div><br></div><div>then my_data.sca will be used for refinement and an exptl_fobs_phases_freeR_flags_*.mtz will be created. &nbsp;Note that my_data.sca can be identical to your input data file if you want. &nbsp;I am guessing that in your case an anisotropy correction was applied to the data in this way. &nbsp;</div><div><br></div><div>I hope that helps!</div><div>-Tom T</div><div>ps. I am thinking of changing the default to make input_refinement_file automatically defined if an anisotropy correction is applied so that you don't have to do this...</div><div><br></div><div><div><div><div>On Jul 9, 2009, at 7:55 AM, whittle wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Dear all,<br><br>I have a question regarding the output of AutoSol.<br><br>I've run AutoSol, using the data directly from scalepack as a .sca file,<br>and would like to now begin refining the structure I've built.<br><br>There seems to be no exptl_fobs_phases_freeR_flags_*.mtz file in the<br>AutoSol directory. Isn't this the right file to use? Since it's not<br>there, is it proper to use the phaser_2.mtz file for phenix.refine?<br><br>--James<br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></div></body></html>