<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Leo,<br>

<br>

<blockquote cite="mid:4A5E18AF.2010708@mrc-mbu.cam.ac.uk" type="cite">

  <pre wrap="">Hi, phenix.refine outputs "WILSON B" value into PDB header after 

refinement, which is not the same as average B-factor of all the atoms 

in the structure, and not exactly the same as Wilson B-factor from SCALA 

scaling. How exactly is Wilson B-factor for phenix header calculated </pre>

</blockquote>

<br>

Wilson B is computed using Peter's procedure as described in:<br>

<br>

Zwart, P.H., Grosse-Kunstleve, R.W. &amp; Adams, P.D. (2005). CCP4

newsletter. No. 42.<br>

<br>

or in one of there references in this paper. Peter may comment on this

some more.<br>

<br>

<blockquote cite="mid:4A5E18AF.2010708@mrc-mbu.cam.ac.uk" type="cite">

  <pre wrap="">and 

would it be possible to output there also the average B-factor of all 

the atoms in the structure?

  </pre>

</blockquote>

<br>

It is reported by phenix.refine many times in many different places:<br>

<br>

- in PDB file header:<br>

<br>

<small><font face="Courier New, Courier, monospace">REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|-----overall-----|---macromolecule----|------solvent-------|<br>

REMARK&nbsp;&nbsp; stage&nbsp;&nbsp;&nbsp; b_max&nbsp; b_min&nbsp; b_ave&nbsp; b_max&nbsp; b_min&nbsp; b_ave&nbsp; b_max&nbsp;

b_min&nbsp; b_ave<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 100.80&nbsp;&nbsp; 7.48&nbsp; 28.20 100.80&nbsp;&nbsp; 7.48&nbsp; 27.43&nbsp; 78.39&nbsp;

12.05&nbsp; 40.43<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1_bss: 101.17&nbsp;&nbsp; 7.85&nbsp; 28.57 101.17&nbsp;&nbsp; 7.85&nbsp; 27.80&nbsp; 78.76&nbsp;

12.42&nbsp; 40.80<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1_xyz: 101.17&nbsp;&nbsp; 7.85&nbsp; 28.18 101.17&nbsp;&nbsp; 7.85&nbsp; 27.80&nbsp; 58.46&nbsp;

14.33&nbsp; 35.27<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1_adp: 113.33&nbsp; 11.63&nbsp; 27.68 113.33&nbsp; 11.63&nbsp; 27.44&nbsp; 55.19&nbsp;

16.55&nbsp; 32.10<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2_bss: 113.47&nbsp; 11.78&nbsp; 27.82 113.47&nbsp; 11.78&nbsp; 27.58&nbsp; 55.33&nbsp;

16.70&nbsp; 32.24<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2_xyz: 113.47&nbsp; 11.78&nbsp; 27.93 113.47&nbsp; 11.78&nbsp; 27.58&nbsp; 55.28&nbsp;

14.61&nbsp; 34.43<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2_adp: 114.56&nbsp; 11.66&nbsp; 27.71 114.56&nbsp; 11.66&nbsp; 27.46&nbsp; 52.95&nbsp;

16.40&nbsp; 32.23<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3_bss: 114.64&nbsp; 11.73&nbsp; 27.79 114.64&nbsp; 11.73&nbsp; 27.54&nbsp; 53.03&nbsp;

16.48&nbsp; 32.30<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3_xyz: 114.64&nbsp; 11.73&nbsp; 27.86 114.64&nbsp; 11.73&nbsp; 27.54&nbsp; 57.12&nbsp;

13.65&nbsp; 33.94<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3_adp: 115.09&nbsp; 11.32&nbsp; 27.64 115.09&nbsp; 11.32&nbsp; 27.42&nbsp; 53.24&nbsp;

16.30&nbsp; 31.94<br>

REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3_bss: 115.15&nbsp; 11.38&nbsp; 27.68 115.15&nbsp; 11.38&nbsp; 27.48&nbsp; 53.31&nbsp;

16.37&nbsp; 31.63<br>

</font></small><br>

- in log file:<br>

<br>

<font face="Courier New, Courier, monospace"><small>|-ADP

statistics--------------------------------------------------------------|<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; Atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; | Number of&nbsp;&nbsp; | Isotropic or equivalent| Anisotropy

lmin/max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; |iso&nbsp;&nbsp;&nbsp; aniso | min&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mean&nbsp;&nbsp; | min&nbsp;&nbsp; max&nbsp;&nbsp;&nbsp;

mean&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; - - - - |- - - - - - -| - - - - - - - - - - - -| - - - - - - - - -

-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; all&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 3549&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.38&nbsp;&nbsp; 115.15&nbsp; 27.68&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp; None&nbsp;&nbsp;

None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; all(noH): 3549&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.38&nbsp;&nbsp; 115.15&nbsp; 27.68&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp; None&nbsp;&nbsp;

None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sol.&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 169&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.37&nbsp;&nbsp; 53.31&nbsp;&nbsp; 31.63&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp; None&nbsp;&nbsp;

None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mac.&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 3380&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.38&nbsp;&nbsp; 115.15&nbsp; 27.48&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp; None&nbsp;&nbsp;

None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hyd.&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; None&nbsp; None&nbsp;&nbsp;

None&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Distribution of isotropic (or equivalent) ADP for non-H

atoms:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bin#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; value range&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #atoms | Bin#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; value range&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

#atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.384 -&nbsp; 21.760: 1339&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 5:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.266 -&nbsp; 73.643:&nbsp;&nbsp;

30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.760 -&nbsp; 32.137: 1407&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 6:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.643 -&nbsp; 84.019:&nbsp;&nbsp;

24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.137 -&nbsp; 42.513:&nbsp; 442&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 7:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 84.019 -&nbsp; 94.396:&nbsp;&nbsp;

18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.513 -&nbsp; 52.890:&nbsp; 200&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 8:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94.396 - 104.772:&nbsp;&nbsp;

18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52.890 -&nbsp; 63.266:&nbsp;&nbsp; 68&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 9:&nbsp;&nbsp; 104.772 - 115.149:&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&gt;continue=&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>

|-----------------------------------------------------------------------------|</small></font><br>

<br>

- finally, you can type:<br>

<br>

phenix.pdbtools model.pdb --show-adp-statistics [optionally, give a CIF

file]<br>

<br>

<blockquote cite="mid:4A5E18AF.2010708@mrc-mbu.cam.ac.uk" type="cite">

  <pre wrap="">Also, deposition into PDB requires only Luzzati coordinate errors, while 

phenix produces only ML based ones. Presumably ML estimate is better 

than Luzzati?, </pre>

</blockquote>

<br>

ML error estimate is better than Luzzati one, indeed. That's exactly

why phenix.refine outputs ML error estimate. And even ML error estimate

has it's own known problems (not just in phenix, but in general), so it

shouldn't be taken too literally.<br>

<br>

phenix.refine outputs PDB file almost ready for PDB deposition, and

"almost" means here that you have to remove the upper part of the

header till where the REMARK 3 section starts.<br>

<br>

Pavel.<br>

<br>

</body>

</html>