<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7654.12">
<TITLE>Assertion Error when using kicked maps in solvent update</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Hi</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">In 1.4.106 I get the following Assertion Error when I use kicked maps</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> (refinement.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">ordered_solvent.use_kick_maps=True)</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> in the solvent update</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> section</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">:</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Traceback (most recent call last):</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/phenix/phenix/command_line/refine.py&quot;, line 19, in &lt;module&gt;</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; command_line.run(command_name=&quot;phenix.refine&quot;, args=sys.argv[1:])</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/phenix/phenix/refinement/command_line.py&quot;, line 89, in run</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; call_back_handler=call_back_handler)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/phenix/phenix/refinement/driver.py&quot;, line 1125, in run</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; call_back_handler&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = call_back_handler)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/phenix/phenix/refinement/strategies.py&quot;, line 358, in refinement_machine</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; log&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = log)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/cctbx_project/mmtbx/solvent/ordered_solvent.py&quot;, line 205, in __init__</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; use_kick_map = self.params.use_kick_maps).peaks_mapped()</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/cctbx_project/mmtbx/solvent/ordered_solvent.py&quot;, line 394, in find_peaks</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; log&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = self.log)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/cctbx_project/mmtbx/find_peaks.py&quot;, line 98, in __init__</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; crystal_gridding_tags = fft_map.tags()</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/cctbx_project/cctbx/maptbx/__init__.py&quot;, line 152, in tags</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; return crystal_gridding_tags(self)</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp; File &quot;/raidnet/xdata1/programs/phenix-1.4-106/cctbx_project/cctbx/maptbx/__init__.py&quot;, line 158, in __init__</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert gridding.symmetry_flags() is not None</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">AssertionError</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Running from the same .def file w/o kicked maps works fine.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">Let me know if you need more info to</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> debug this.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Cheers</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">,</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Carsten</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

</BODY>
</HTML>